泛癌免疫分析也可以做的这样简单!( 二 )

TIME是癌症治疗疗效的另一个关键决定因素， TIME对优化癌症治疗疗效的意义不应完全被忽视。
首先，选择MET(HGF受体，但在癌症免疫中也具有调节功能)作为具有代表性的TIME因子。与正常组织相比， MET在BRCA、LAML和LGG中的表达水平下降，在CESC、COAD和PAAD等20种癌症中有所上升（Fig.3A）。进一步的差异表达分析表明，在大多数恶性肿瘤中TIME因子显著下调（Fig.3B）。

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Fig.3
生存分析显示TIME因子的表达水平与总体生存率(OS)（Fig.4A）和无病生存率(DFS)（Fig.4B)显著相关。根据差异表达和生存率分析的结果，恶性肿瘤可分为三大类别：（1）TIME因子失调，并对预后有显著影响（如LGG和KIRC），这表明它们是癌症治疗的潜在目标（2）TIME因子失调但不影响预后(如DLBC和PRAD) ，表明它们可能对这类癌症的影响较小，因此可能不是这类癌症的合适靶点。（3）无TIME因子显著失调（如CHOL、PCPG和SARC），这表明这三种癌症可能与TIME因子无关。

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Fig.4
03
ICPs与TIME因子之间的相互作用
由于ICPs和TIME因子对癌症患者的预后都至关重要，因此下一步研究了ICPs和TIME因子之间是否存在潜在的相互作用。使用STRING数据库发现ICPs和TIME因子之间的存在显著的蛋白质相互作用（Fig.5A）。

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Fig.5
由于PAAD中几乎所有的ICPs和TIME因子都上调，因此选择胰腺癌进行进一步的分析，特别是对ICP和TIME因子潜在的组合进行评估。利用cBioPortal观察了胰腺癌中ICPs和TIME因子的基因组改变。 landscape包括 inframemutation, missense mutation, truncatingmutating, usion,amplifification, deep deletion, and no alterations（Fig.6A）.

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Fig.6
在分析中观察到TIME因子和ICPs表现出共现性而不是互斥性。此外， OS （Fig.7A）、无进展生存期（PFS）（Fig.7B）、DFS （Fig.7C）和疾病特异性生存期（DSS）（Fig.7D）的综合预后分析表明， TIME因子和ICPs的综合基因组改变对胰腺癌患者的多个预后显著不利。

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Fig.7
04
ICPs、TIME因子、ICD介质和肿瘤免疫之间的关系
使用GEPIA进一步研究了胰腺癌中ICD介质、TIME因子、ICPs和effective T-cell signature之间的相关性。首先，确定了TIME因子与ICPs之间的显著相关性（R=0.93 ， P<0.01）（Fig.8A）， ICD介质和ICPs（R=0.92 ， P<0.01) （Fig.8B），以及ICD介质和TIME因子(R=0.94 ， P<0.01) （Fig.8C）。此外， ICPs与 effective T-cell signature（CX3CR1、FGFBP2和FCGR3A）之间也存在显著的相关性（R=0.87、P<0.01）（Fig.8D）， TIME因子和 effective T-cell signature(R=0.80 ， P<0.01) （Fig.8E），以及ICD介质和 effective T-cell signature(R=0.88 ， P<0.01) （Fig.8F）。