泛癌免疫分析也可以做的这样简单!

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导语
GUIDE ╲
针对免疫检查点（ICPs）的药物已经成为癌症免疫治疗中最流行的武器，然而只对一小部分患者有实际效益。越来越多的证据表明肿瘤免疫微环境在癌症免疫中起着关键作用。
背景介绍
今天，小编给大家带来了泛癌免疫分析相关思路，这篇文章于2020年发表在《npj Precision Oncology》期刊上，影响因子7.717 ，题目为:Genomic investigation of co-targeting tumor immune microenvironment and immune checkpoints in pan-cancer immunotherapy.

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数据介绍
通过挖掘收集了与TIME相关的调节因子，例如凋亡（BAK ， CASP3 ， CASP8和XIAP）、坏死（TNFR1、RIPK3、MLKL和TRADD）等，这些调节因子不局限于和肿瘤微环境相关，也有些和肿瘤负荷相关。
使用了TCGA数据库中31种癌症的表达、预后数据集。
还整合了其他四个数据集，分别为Pancreatic Adenocarcinoma(ICGC, Nature.2012),Pancreatic Adenocarcinoma(QCMG,Nature.2016),Pancreatic Adenocarcinoma(TCGA,PanCancer Atlas),and Pancreatic Cancer (UTSW, Nat. Commun. 2015).
结果解析
01
多种癌症中ICPs的预后分析
差异表达分析表明，与正常组织相比， PD-L1的表达水平在DLBC和THYM中显著上调，而在LUAD、LUSC和USC中则明显下调（Fig.1A) 。进一步的分析表明，在大多数恶性肿瘤中，大多数ICPs的表达水平显著降低(Fig.1B) 。

【泛癌免疫分析也可以做的这样简单!】
本文插图

Fig.1
生存分析显示ICPs的表达水平与总体生存率(OS)（Fig.2A）和无病生存率(DFS)（Fig.2B)显著相关。根据差异表达和生存分析的结果，恶性肿瘤可分为三类：（1）未发现明显下调的ICP（如CHOL和PCPG）；（2）ICPs明显下调，但不影响预后（如COAD和THYM）；（3）ICPs的下调显著影响预后水平。

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Fig.2
02
多种癌症中TIME因子的预后分析