如何利用组学工具快速切入临床科学问题形成科研思路？( 三 )

4. 组学联合分析：KEGG关联分析揭示甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢途径表现为甘氨酸、高丝氨酸、色氨酸、前列腺素AM1、磷酸葡萄糖脱氢酶、磷酸丝氨酸转氨酶、CTH发生上调，综合分析结果进一步表明，糖尿病仓鼠的氨基酸代谢途径是异常的。
5. 差异蛋白验证：对氨基酸代谢途径中的PGAM1, PHGDH, GATM, CTH与CBS的蛋白表达含量明显上调，这与蛋白质组学结果一致。

本文插图

案例二
Integration of proteomics and metabolomics reveals promotion of proliferation by exposure of bisphenol S in human breast epithelial MCF-10A cells.

本文插图

影响因子：IF=6.551
科学问题：双酚S (BPS)与双酚A (BPA)具有相似的雌激素效应。考虑到BPS的内分泌干扰效应，本研究采用基于质谱的代谢组学和定量蛋白质组学方法，研究了BPS对正常人乳腺上皮细胞株MCF-10A的影响。
研究内容
1. 表型实验：暴露于BPS达24小时后， MCF-10A细胞的增殖以一种刺激的方式发生改变，在剂量为1μM时增殖率最高。
2.蛋白质组分析：总共有200种蛋白质被鉴定为在暴露于BPS 1微米后发生了显著变化。表皮生长因子受体(EGFR)和Ras/mTOR相关蛋白的上调表明EGFR介导的途径参与了BPS诱导的MCF-10A细胞增殖。此外，发现几个增殖相关蛋白标记物升高，如MKI67和CDH1 ，进一步表明低剂量BPS暴露促进增殖。
3.代谢组分析：35种内源性代谢物也发生了显著变化。对改变的代谢物和蛋白质的联合途径分析表明了三羧酸(TCA)循环、嘌呤代谢、丙酮酸代谢和脂质代谢途径的改变，这些途径涉及维持细胞增殖和细胞信号转导。

本文插图

本文插图

案例一
Proteomics identifies EGF-like domain multiple 7 as a potential therapeutic target for epidermal growth factor receptor-positive glioma.（客户案例）

本文插图

影响因子：IF=5.6
科学问题：利用蛋白质组学方法探讨表皮生长因子-EGFR-血管生成轴在胶质瘤发生中的作用，并探讨司美替尼对胶质瘤的治疗效果。
研究内容
1.蛋白质组分析：对10例EGFR阳性和10例EGFR阴性胶质瘤病例的肿瘤组织样本进行蛋白质组分析。蛋白质组学发现EGFL7在EGFR阳性的胶质瘤组织高表达，利用公共数据库的全基因组测序数据，对EGFL7表达量进行验证，并与预后关联。