类风湿性关节炎或许早有“预兆”( 二 )

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研究招募了25名被试者，包括16名RA患者的一级亲属（FDR）， 9名年龄和性别匹配的健康对照，进行肠道噬菌体组分析。其中8名FDR能够检测到anti-CCP3定义为CCP+组，另8名FDR定义为CCP-组。选择具有RA风险的人群更有可能鉴定出促进RA发展的噬菌体，而不是那些被RA影响的噬菌体；其次，对风危人群中噬菌体群落的分析可以用来补充现有的临床诊断工具，从而更好地预测未来RA的发展。

研究人员从粪便宏基因组中鉴定出660个预测的噬菌体相关片段，随后综合利用CRISPR-spacer同源和基于序列与已知噬菌体比对等方法将肠道噬菌体与相应的细菌宿主相匹配。发现不同的anti-CCP血清学状态对应不同的肠道噬菌体群落， CCP+组和CCP-组中都富集靶向类杆菌科细菌（Bacteroidaceae）的噬菌体，而CCP+组中靶向链球菌科细菌（Streptococcaceae）和毛螺菌科（Lachnospiraceae）的噬菌体增加。研究显示这些细菌家族与炎症和自身免疫相关，因此RA风险人群中靶向这些细菌的噬菌体出现富集或表明噬菌体可能通过靶向这些关键的细菌类群，从而参与RA的发病过程。

细菌代谢的改变与炎症具有相关性，对噬菌体基因组中编码辅助代谢基因（AMGs）进行分析，发现人群中具有不同的AMG图谱。例如CCP+组富集的几种噬菌体都携带phnP ，这个基因编码磷酸酯酶，是磷酸降解途径的一部分，被认为是肠道细菌磷同化的重要部分，也是RA药物反应性的预测因子。同时，修饰宿主细菌脂多糖AMG仅在CCP+噬菌体出现，或在CCP+噬菌体数量增加，而CCP-噬菌体的AMGs则与肽聚糖生物合成有关，意味着RA相关人群的肠道菌群在细菌抗原性和细菌适应性发生改变。分析各组别核心噬菌体的AMGs基因，发现CCP+组的核心噬菌体代谢基因与靶向Flavonifractor sp.噬菌体相关，而CCP-组则与靶向Bacteroides sp.噬菌体相关。与健康对照相比，靶向Lachnospiraceae（Clostridiumscindens）和Actinomyces(A. oris) 的噬菌体分别在CCP+组和CCP-组增加。

总的来说，文章鉴定出RA易感状态相关的独特的肠道噬菌体群，这种肠道噬菌体群或可作为RA出现临床症状前的生物标志物，同时表明研究RA的发病和进展过程中考虑群体水平的细菌-噬菌体互作非常必要。

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