微生物领域最新研究成果盘点（20210603）( 五 )

摘要：快速增长的研究表明，噬菌体--细菌的专有性病毒，所引起的独特或令人惊讶的机制可以影响人类健康和疾病的状态。这可以通过自上而下的压力或通过更间接的途径（包括影响人体的代谢或免疫系统），改变细菌在宿主内的生态位而影响人体状态。这些微生物的相互作用可以直接在所侵袭的环境中影响人体的健康和疾病状态，也可以通过影响身体的远端器官或系统进而影响人体的健康和疾病状态。本文中，我们从噬菌体-细菌以及人体宿主三个方面，提供了目前有关于噬菌体对人类健康的影响的最新研究。

原名：Rethinking phage-bacteria-eukaryotic relationships and their influence on human health
译名：重新思考噬菌体-细菌-真核生物的关系及其对人类健康的影响
期刊：Cell Host & Microbe
IF：15.923
发表时间：2021.03.17
通讯作者：Adam Wahida ，汤芳
通讯作者单位：德国慕尼黑理工大学（Technical University of Munich），南京农业大学（Nanjing Agricultural University）
DOI号：10.1016/j.chom.2021.02.007
原文链接：
科研| Cell Host&Microbe：婴儿肠道耐药菌群与大肠埃希菌、环境暴露、肠道微生物群成熟和哮喘相关细菌组成有关
本文由小胖子编译
哥本哈根大学微生物学系生物学系的S?ren Johannes S?rensen等人于2021年4月21日在Cell Host&Microbe发表题为《The infant gut resistome associates with E. coli ， environmental exposures ， gut microbiome maturity ， and asthma-associated bacterial composition》的文章。该研究通过对736名孕妇和700名儿童组成的母婴队列，从怀孕第24周开始进行前瞻性随访。收集所有患者1周、1个月、1岁、4岁、5岁和6岁的粪便样本。对肠道粪便进行16s rRNA测序，进行生物学分析。研究发现，孩子的肠道菌群相关基因总共对34种药物产生了耐药性，在409种类型中有167种（40.8%）已知具有多重耐药性。这些儿童没有亲自服用所有这些药物，表明抗生素耐药基因（ARG）产生与住院治疗，母体遗传，或其他环境暴露有关。到目前为止，四环素和氟喹诺酮类药物的ARG是最常见的，其次是青霉素、头孢菌素、大环内酯类和头霉素。大肠埃希菌（E. coli）的分布驱使其分化为两个簇，这2个簇与ARG存在差异，与细菌丰度的差异相关。变形菌门（Proteobacteria）与婴儿肠道菌群ARG相关。此外研究发现ARG促进哮喘相关的细菌组成，它可能是一个哮喘的间接危险因素。本研究对于16s-RNA基因测序，对抗生素耐药基因的探索，将菌群与另一疾病生物模型相比较的探索具有借鉴意义。

摘要：抗菌素耐药性（AMR）是一个日益严重的全球性威胁，然而，肠道微生物群中AMR的性质以及AMR是如何在生命早期获得的，目前还不清楚。在662名丹麦儿童的队列中，列出了在出生第一年获得的抗生素耐药基因（ARG），并评估了不同环境暴露对ARG负荷的影响。研究揭示了ARG丰度有明显双峰特性，这是与肠道微生物群的组成相关，特别是大肠埃希菌。精氨酸蛋白谱受各种环境因素的影响较大。在这些因素中，抗生素的重要性随着治疗时间的延长而减弱。最后， ARG负荷量和ARG组成也与肠道微生物群的成熟度以及与哮喘风险增加相关的细菌有关。这些发现拓宽了我们在早期对AMR的理解，并对减轻其传播的努力具有重要意义。