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核磁共振则是利用强大的磁场将人体水分子按磁力线方向排列，然后磁场突然消失，水分子在恢复原来的状态，这个过程是水分子在电磁场来干涉低能态的核自旋转向高能态，再回到平衡态便会释放出NMR信号，在根据这个信号来处理称整个组织三维结构，成像质量最好，当然它的价格也最贵。

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因为产生强大磁场的磁铁需要超导，它需要液氦来冷却，氦尽管是宇宙中最丰富的元素，但它不可再生，全球能大量供应氦的国家屈指可数，如果不实现液氮替代（核磁共振的磁场建立需要超导线圈，而现在的液氮级别超导材料不适合做线圈），检查费用会越来越高。

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