科研 | NPJ BIOFILMS MICROBI：牦牛适应高海拔生活过程中，食物-肠道微生物相互作用的季节变化（国人佳作）( 四 )

Ruminococcaceae_UCG-010, Ruminococcaceae_UCG-005,Rikenellaceae_RC9_gut_group, unclassified Ruminococcaceae 及 unclassifiedBacteroidales在各季节都最为丰富（图4a ， c）。此外， Prevotellaceae_UCG-004的相对丰度在夏季有所增加。属水平的指示物种表现出了时空差异性。在TH ，春、秋、冬季的指示种为Ruminococcaceae_UCG-010和Clostridiales_vadinBB60_group；夏季为Ruminococcaceae_UCG-005和。在OCG ，春、夏两季的指示种分别为Ruminococcaceae_UCG-010和；秋季分别为Flavonifractor, 和；然而，在冬季是unclassified Paludibacteraceae（图4b ， d；图S7e ， f）。

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图4 不同放牧方式下牦牛肠道菌群在属水平上的季节变化。（a）季节性迁移放牧和（c）自由放牧条件下，以染色Stream图表示的20个最丰富的属在四季（春、夏、秋和冬）的相对丰度。低丰度类群（除20个最丰富的属外）被归为“其他”类群。在季节性迁移放牧（b）和自由放牧（d）条件下，使用Sankey图跟踪与每个季节相关的指示属。线表示指示属和季节之间的关联，这些关联按属级别着色。线宽被缩放以反映指示值（属的指示值越高，与季节的关联越强）。指标值如图S7所示。统计p值表示与季节相关的属, *p<0.05 ， **p<0.01 ， ***p<0.001 。4 饮食与各季节微生物群落组成有关我们应用Procrustes分析来测试不同季节饮食和微生物群的变化。当使用Bray–Curtis（BC）差异分析时，饮食组成的季节性变化与TH（p=0.0001 ，图5a）和OCG（p=0.0001 ，图5b）的微生物群落组成变化一致。然而，微生物群落丰富度与饮食丰富无关（图S8）。

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图5 不同放牧方式下，牦牛食物-微生物相互作用的季节性聚类模式。（a）季节性迁移放牧和（b）自由放牧条件下，饮食和微生物群组成由Bray–Curtis距离决定，按季节着色。 Procrustes旋转食物组成（圆形符号）和肠道微生物组成（三角形符号）的独立主坐标的结果。 p值显示食物和微生物群之间差异显著。不同季节之间的饮食和微生物群差异始终高于不同季节（图6和表S2）。四季间的食物组成差异最小的是， TH春、夏季之间（0.482）以及OCG的秋、冬季之间（0.566）；最大的是， TH的夏、冬季（0.779）之间以及OCG的春、秋季（0.734），表明植物是否可以获得决定了食物的消耗（表S2）。在TH和OCG中，大多数重叠微生物群落出现在秋季和冬季之间，而大多数非重叠微生物群落出现在春季和夏季之间，这表明微生物群保持相对稳定（表S2）。在季节内，两种放牧制度下，食物组成差异（0.117–0.385）比微生物群落组成差异（0.432–0.486）更大，表明稳定的肠道微生物群落可能有助于宿主适应极端环境（图6；表S2）。

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