在生产过程中的质量控制同样困难重重。北京医院药剂科原主任药师傅得兴在接受《首都医药》采访时称，中药注射剂从生产环节开始，就存在颇多不确定性，从而影响了成品的合格率。

北京市曾在1995年至2000年间，检查了250批次的中药注射剂，其中近六分之一质量不合格。

不过，药物的使用需要权衡利弊。尽管存在引起不良反应的较大风险，但并不意味着中药注射剂就不能用，而是要看有没有必要使用。

中药注射剂的疗效因缺乏扎实的临床数据支撑，常被质疑。原国家食药监总局局长毕井泉曾坦陈，早期批准上市的以中药为原料生产的注射液，安全性、有效性基础研究薄弱，部分生产企业偷工减料、使用假劣原料、擅自改变生产工艺，严重影响了药品的安全性、有效性。

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