早在3600年前，古埃及人写在草纸上的数学问题中，就涉及了方程，即含有未知数的等式 。
公元825年左右，中亚细亚的数学家阿尔·花拉子米曾写过一本名叫《对消与还原》的书，重点讨论方程的解法 。
“方程”中文一词出自古代数学专著《九章算术》，其第八卷即名“方程” 。“方”意为并列，“程”意为用算筹表示竖式 。
卷第八(一)为：今有上禾三秉，中禾二秉，下禾一秉，实三十九斗；上禾二秉，中禾三秉，下禾一秉，实三十四斗；上禾一秉，中禾二秉，下禾三秉，实二十六斗 。问上、中、下禾实一秉各几何(现今有上等黍3捆、中等黍2捆、下等黍1捆，结出粮食共有39斗；有上等黍2捆、中等黍3捆、下等黍1捆，结出粮食共有34斗；有上等黍1捆、中等黍2捆、下等黍3捆，结出粮食共有26斗 。问1捆上等黍、1捆中等黍、1捆下等黍各能结出多少斗粮食)?答曰：上禾一秉九斗四分斗之一 。中禾一秉四斗四分斗之一 。下禾一秉二斗四分斗之三 。
魏晋时期的大数学家刘徽在公元263年前后为《九章算术》作了大量注释，介绍了方程组：二物者再程，三物者三程，皆如物数程之 。并列为行，故谓之方程 。他还创立了比“遍乘直除”更简便的“互乘相消”法来解方程组 。

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