陈寅恪最崇拜梵文大师吕德斯（Luders） ， 而在傅斯年离开柏林大学的证明书中也记载了修过但未正式获得学分的课程有吕德斯的梵文 。 此外 ， 傅斯年笔记中有两件记当时西方学者有关东方学的目录 ， 而陈寅恪初到清华所授的课便是“西人之东方学之目录学” 。 当时同在柏林的毛子水便自承他受陈寅恪影响而注意比较语言学 ， 我遂有点怀疑陈寅恪似曾在傅斯年留学生涯的最后阶段对他有过影响 ， 使他转而重视比较语言学 。 从傅斯年藏书中的购书记录可以判断 ， 他当时开始大量购买这一方面的书籍 。
当时两人的相得之情 ， 或许可以在当傅斯年初回中国时 ， 陈氏的一首赠诗中看出：
不伤春去不论文 ， 北海南溟对夕矄 。
正始遗音真绝响 ， 元和新脚未成军 。
今生事业余田舍 ， 天下英雄独使君 。
解识玉珰缄札意 ， 梅花亭畔吊朝云 。
从这一首诗中可以看出陈氏对傅斯年想将“东方学的正统”从柏林、巴黎等地移回北京的悲愿是相当欣赏、支持的 。 在陈寅恪的诗中并不轻易用“天下英雄独使君”这么高级的形容词 。 这句诗是他对傅氏一番事业的期待 。
陈寅恪从民国十八年起便应傅斯年之邀出任史语所历史组主任 ， 一直到陈氏留大陆 ， 在台北继任该组主任的陈盘先生仍不敢真除 ， 自称代主任 ， 直到一九六九年陈氏凶耗传来 ， 才将“代”字去掉 。 不过陈氏真正待在史语所的时间并不长 ， 傅斯年特许他在大学以专任研究员暂支兼任薪水名誉上课 ， 而历史组的实际组务则由傅氏代办 。 在傅氏档案中尚有数张盖有陈寅恪私章的公文纸 ， 是陈寅恪预留作为推荐升等之用的 。 不过 ， 在一些重要的会议及决定上 ， 陈寅恪仍尽可能参加 。
抗战时期 ， 史语所南迁昆明 ， 傅斯年、陈寅恪同住在昆明靛花巷的一幢楼房 ， 陈居三楼 ， 傅居一楼 ， 当时同仁便注意到每当空袭警报大作时 ， 大家皆往楼下奔而肥胖的傅斯年却往三楼冲 ， 以护持视力模糊、行动不便的陈寅恪下楼躲警报 。 而陈寅恪给傅斯年的四、五十封信私信也大多集中于抗战期间转徒天南之时 。
在陈寅恪所有的来往函札中 ， 给傅斯年的信当属大宗 ， 陈寅恪一生只写过几封短信给胡适 ， 即使连相契至深的陈垣 ， 陈寅恪写给他的信也不到二十封 ， 相较之下可以看出他与傅斯年交往的比重 。 这一批书信所谈的都是日常琐事及身世之慨 ， 几乎没有论学作品 ， 其中以抱怨生活病苦占最大比例 。 它们对了解从抗战到胜利之后将近十年间陈寅恪的生活状况 ， 大有裨益 。 而这些在蒋天枢的《陈寅恪编年事辑》中都未能得见 。
“九儒列等真邻丐”
这批信首先是谈病与穷 。 在当时的中国知识分子没有不穷的 ， 吴晗曾在一封信给傅斯年的信中说他写朱元璋传纯粹就是为了生活 ， 并在信上为如何买几斤米写上一大段 。 不过陈寅恪敏感的心灵对穷困更难忍受 。 他所需要的 ， 其实只是几百英镑而已 。 但是为了几百镑 ， 也花费这位史学大师无数笔墨 ， 来来去去地谈兑换及焦头偿还的细节 。 在这批信中 ， 可以看出寅恪已失去战前在北京那种优游著述的心情 ， 一场战争下来 ， 使得他处处感到生活与身体都陷入绝境 ， 所以到处可以见到如下字眼：

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