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威廉·胡威立在这段时间里，巴贝奇的差分机项目最终在花掉两万三千英镑（在19世纪这几乎是一艘战舰的价格）之后依然没能完成，但他积极参与在科学促进会的各项会议之中，还有了新的计划。在1834年巴贝奇基本停止了对大型差分机的研制（但直到1842年政府才公开宣布放弃该计划）之后，他决定研发另外一种大型机械——分析机。根据设计，分析机将拥有巴贝奇称为“仓库（store）”的齿轮式寄存器，用以保存数字信息；用打孔纸来进行程序的输入与输出，拥有巴贝奇称为“仓库（store）”的齿轮式寄存器、名为“磨坊（mill）”的中央处理器，控制操作顺序的控制器；通过打孔纸实现的输出与读取装置。可以说，除了采用机械元件而非电子电路之外，分析机几乎是现代电脑的原型。由于1834年巴贝奇的女儿乔治安娜不幸去世，这个宏大的设想在1835年才开始实施。和制作差分机时一样，巴贝奇再次投入了大量金钱与心血，它们的结局也十分相似，最终因为投资中断而没能完成。

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分析机部分设计图，1840不过，在对精密程序的研究之中，巴贝奇也产生了新的神学理解：他设想上帝设计了一套自主运行的完美程序（就像他在尝试做到的），之后发生的一切全部依靠程序的自主运作，不受到上帝的实时干预。在巴贝奇家的社交晚会上，社会上流的各界人士有机会接触到了他的理念和设计。有一个年轻人也是巴贝奇的常客，他1836年刚刚结束一次环球地质旅行回到伦敦，很快便成为了地质学界的一颗新星；他的名字叫查尔斯·达尔文（Charles Darwin）。可以说，巴贝奇的构想至少在一定程度上帮助达尔文构建了生物在残酷的自然选择中进化的逻辑，使他可以用一种机制来解释残酷的自然竞争，而非某些物种被仁慈的上帝主动淘汰。另一方面，科学促进会的蒸蒸日上最终在1847年倒逼皇家学会也完成了自身的改革，对每年成为皇家学会会员的人数作出限制，并且公开投票，这样席位就会回到真正的学者身上，而不是无条件地接纳那些想要依靠人情取得席位的人们。但科学改革的推动却离巴贝奇越来越远，1837年威廉·胡威立出版的《归纳法科学史（History of the Inductive Sciences）》一书里点评认为数学家的工作缺乏对已知的创新，这让巴贝奇大为光火，公开地对胡威立进行了攻击，尽管胡威立没再做任何回应，两人的关系却再也不复从前，巴贝奇也渐渐停止了参加各项科学会议。可能性的丰碑1859年，当年巴贝奇家的青年达尔文也步入中年，他经过十多年深思熟虑，终于发表震惊世界的《物种起源(On The Origin of Species)》，科学界也迎来了新的一波冲击。不过达尔文是幸运的，如果不是科学促进会的成立和皇家学会的改革让专业的科学家重新掌握话语权，他必然会面临更大的舆论压力。而这则离不开巴贝奇的呼吁、布儒斯特的推动以及胡威立、赫歇尔等人的积极参与。

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