大约是原复建在“凟田上村”的“儒学”之类建筑过于简陋，于是，在明朝建国初，有知县董大本于明洪武十四年(辛酉·1381年)对其作了迁址改建。当时县治四周犹没有筑城墙，然在治之四周也已经建起了“就日门”“迎恩门”“宣化门”和“承流门”这四座门。于是，董大本迁址在治东的“就日门”外建筑了“儒学”之类建筑。由于当时董大本所迁建的“儒学”建筑规模不大，之后在明洪武三十一年(戊寅·1398年)，又有知县罗仕勉③，及继之的教谕宋观在明宣德年间分别将其作了增加结构的大改建。则其所建者，乃是新建了“戟门”“两庑”和“櫺星门”之类。县治东的“就日门”外，是临溪的一大片水汪汪的稻田，那里的湿度非常高。因而人们认为“地临溪涧，斋舍下湿”。于是，于明天顺二年(戊寅·1458年)，知县张宣又将它作了迁址重建。迁建的地址居然恢复在今人所称呼为“学后”的“凟田上村”。到了明成化十年(甲午·1474年)，福建莆田人、知县余康还在那里建起了一座“尊经阁”。明嘉靖十年(辛卯·1531年)间，福建闽县人、知县郑举奉了上锋之命又建起了一座“启圣祠”在“明伦堂”的后面，之外犹建了一座“敬一箴亭”于“启圣祠”的东面。这样一来，该片时称“学校”的建筑区域顿时扩大了不少。
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明嘉靖二十五年(甲午·1546年)间，广东南海县人、知县陈泽给庆元县治筑起了城墙。于是，孔庙等“儒学”建筑物，就成了县城之外的建筑了。如此一来，人们又有了“学在城外，阻二涧水，师生登谒称艰”之叹。于是，在明隆庆二年(戊辰·1568年)，由知县彭适(gua)，教谕顾翼高，及生员吴述等人一起，提出了迁址重新营建的申请，此事取得了上级政府的批准。结果是到了下一任知县、重庆黔江人朱芾的任期内，这些建筑才作了整体迁建，他将之迁移至县城之内的县治之东。地址是以原“总铺”之地建之，然此处的地面面积不够阔，于是还把已经裁减了的“邑丞”的住宅也包纳进去，一起进行拆建。之後，这新建的“学校”区域，在明万历二十一年(癸巳·1593年)得到知县周道长(四川成都人)的重修。明万历四十二年(甲寅·1614年)，知县郭际美(江西万安人)又对“明伦堂”地基作了扩建。这样一来，这“学区”就有(上接三版)了一定的规模了。然而，这“学区”毕竟是处于市井之中，道是“明堂陿隘。屏墙外，排列店房，殊不壮观。”甚至附近“古墓丛林遮蔽”。因而，人们对于此处的地点抱有“不良”之嫌。明崇祯三年(庚午·1630年)，知县陈国璧、教谕胡若宏、训导贾应忠等人发起“议迁”，遂得到了分守“姚允济”、分巡“王庭梅”、巡抚“陆完学”、提督学政“黄鸣俊”等人皆：“曰可”这批复的情况下，作了迁建，迁建工程以：“庚午仲秋建议，辛未孟冬经营，壬申孟夏告竣”三年的时间来完成。迁建的地点选用县城当时命名为“豊山门”，这地东邻“万寿庵”，距“後田”仅百馀米远，西邻“城隍庙”，南面是田垄，北面是溪流。此役“幸阖邑士民协心矢力，聚毛成裘”以所成。这次迁址所建的“圣宫”的规模比旧建扩大了许多：“圣宫”后面建起了祀“启圣公”的“崇圣祠”，建“乡贤祠”和“名宦祠”于“仪门”两旁，宫前是号称“两庑”的斋舍，竖建起了“櫺星门”，门外设有“门屏”，还建起了“腾蛟”和“起凤”这两座牌坊④。
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庆元孔庙现存配殿部分（据第三次文物普查的资料）
入清後，人们对这迁址所建的“孔庙”又作了多次的扩建、维修。第一次是在清初的清顺治十二年(乙未·1655年)，由浙江诸暨人、教谕骆起明在正殿前建起了“露台”；清康熙二年(癸卯·1663年)，由陕西宝鸡人、知县高嶙在“戟门”之外凿开了“泮池”，且筑了围墙九十多丈；清康熙四年(乙巳·1665年)，由湖北蕲水人、知县程维伊捐资维修了正殿；清康熙九年(庚戌·1670年)，重建了“腾蛟”和“起凤”东、西两座牌坊；清康熙十一年(壬子·1672年)，浙江金华人、训导戚光朝修理了“櫺星门”；清康熙五十六年(丁酉·1717年)，又有湖广人、知县王开泰对其作了一番大修；清雍正五年(丁未·1727年)，又有正白旗人、知县徐羲麟和杭州仁和人、教谕孙之騄重建了“明伦堂”；清乾隆三十七年(壬辰·1772年)，又有陕西三原人、知县唐若瀛捐俸对其作过大修；清嘉庆十三年(戊辰·1808年)，由于发大水，导致围墙倒塌，殿宇有“倾欹”之势，于是，清嘉庆十七年(壬申·1812年)，在正白旗人、知县鸣山的倡议之下，对其作了焕然一新的内外大修。
