陈独秀自辩之后 ， 章士钊开始了他的辩护：
本案为首本严言论与行为之别 。 言论者何？近世文明国家 ， 莫不争言论自由……中山先生恒言 ， 天下为公 ， 选贤与能……陈独秀之主暴动 ， 即未越言论或理想一步 ， 与《紧急治罪法》上之“行为”两宁、合义迥不相眸 。 是以行为论 ， 独秀亦断无科罪理……
章士钊抓住言论和行为的区别 ， 指出陈独秀并无危害国家的行为 ， 并未触犯《紧急治罪法》 。 陈独秀听到章士钊洋洋洒洒、逻辑缜密、有法有理的辩护后 ， 倍觉欣慰 。 但接下来章士钊的一番话 ， 却让陈独秀气得想要拍案而起 。

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章士钊认为 ， 单从法理上为陈独秀辩护是不够的 ， 还应从政治的角度为陈独秀做出辩护 ， 正好陈独秀在这方面也有文章可做 。 因此 ， 章士钊这样说道：托洛斯基派多一人 ， 则斯丹派少一人 ， 斯丹派少一人 ， 即红军少一人 ， 如斯辗转 ， 相辅为用……
要知道 ， 陈独秀被关押期间 ， 对方看重他的特殊身份 ， 可没少派说客对陈独秀进行劝降 。 但陈独秀虽然被开除党籍 ， 但始终坚持自己是一名“马克思主义者” ， 和原来的组织只是内部问题 ， 跟关押自己的人则是阶级敌人 。 因此 ， 当陈独秀听到章士钊有意将自己说成和当局是同一战线之人时 ， 立刻气得想要站起来 ， 但却被法警制止住了 。

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章士钊发言完毕之后 ， 陈独秀才再次得到发言的机会 。 他虽然知道章士钊的辩护是为了自己好 ， 但他仍掷地有声地说道：章律师等之辩护 ， 以其个人之观察与批评 ， 贡献法院 ， 全系其个人意见 。 至本人之政治主张 ， 不能以章律师之辩护为根据 ， 应以本人之文件为根据 。
当时章士钊瞬间懵了 ， 他没想到陈独秀会忽然来这么一下 ， 这不仅让他瞬间陷入尴尬的境地 ， 也让陈独秀本人处于非常被动的局面 。 不过 ， 章士钊并未因此怪陈独秀不知好歹 。 时候有人曾问及此事 ， 章士钊只是笑着说道：我弱冠以来交友遍天下 ， 唯有三人难交 ， 陈仲甫便是其中之一；但是 ， 大家相知有素 ， 朋友关系始终如初 ， 故而从无诟谇 。
之后 ， 案件又公开审理了两次 ， 陈独秀最终被判了8年 。 当时的《实报》在报道此事称：陈案全赖章士钊之力 ， 方得免于死 ， 而判刑八年 。 这当然夸大章士钊功劳之嫌 ， 但不可否认的是 ， 章士钊的辩护确实帮了陈独秀很多 。 一是从言论与行为的角度指出陈独秀并未违法 ， 二是从政治的角度指出陈独秀可能是同路人 。

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当然 ， 也正是第二点使得陈独秀始终对章士钊耿耿于怀 。 因为这虽然救了他 ， 却违背了他本人的意愿 ， 更是将他置于不义之地 。 不过 ， 章士钊也并未计较这么多 ， 因为他认为自己做的一切都是该做的 ， 至于陈独秀如何看待 ， 那只能看他本人的意愿了 。 章士钊回到上海后 ， 还多次提供钱财帮助陈独秀改善牢中生活 。 陈独秀在狱中胃病发作后 ， 也是章士钊亲自找的医生替陈独秀看病 。
抗战爆发后 ， 在诸多爱国人士的呼吁下 ， 陈独秀被提前释放 。 此时的陈独秀 ， 已在监狱中度过了四年零十个月 ， 成为了一位年近花甲的老人 。 出狱那天 ， 《大公报》发表短评：我们欢迎这位老战士出狱为他的祖国努力 。
出狱后的陈独秀被很多人拉拢过 ， 比如中统要员丁默邨想把他接到党部招待所 ， 胡适、张伯苓想要陈独秀进国防参议会 ， 托派想让陈独秀回上海重振声威 ， 一家美国公司想出钱让陈独秀写自传 ， 当局甚至想给陈独秀经费再组一个党……但这些都被陈独秀拒绝了 ， 他只想回原来的组织 。 只可惜 ， 一些意外使得陈独秀没能回去 。

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1938年7月初 ， 陈独秀迁居四川 ， 过着清贫的生活 。 身在重庆的章士钊 ， 偶有闲暇便来看望陈独秀 ， 并给予生活帮助 。 1940年2月的一天 ， 陈独秀老病复发 ， 艰难之时 ， 章士钊又慷慨救助 。 当陈独秀收到章士钊的汇票时 ， 再也抑制不住感激的心情 ， 写信说道：顷接行严兄由渝转来十六日手书并汇票三百元一纸 ， 不胜惶恐之至 。
【【爱历史】陈独秀被捕后孤立无援，论敌章士钊助陈免于死刑，陈为何不领情？