群体定位研究必看！百迈客BSA分析云平台详细教程：群体定位研究必看！百迈客

原标题：群体定位研究必看！百迈客BSA分析云平台详细教程
百迈客BSA分析云平台已经正式上线，上期介绍了BSA分析云平台的功能（文章详情请戳：2021百迈客群体云分析研究—BSA云分析平台强势来袭！），本期小编将为大家带来百迈客BSA分析云平台详细使用教程，详细请看↘↘↘
百迈客BSA分析云平台
百迈客BSA分析云平台现已正式实现云交付，可以提供BSA分析云服务，实现原始数据一步上传，分析参数自主设置，除此之外， BSA分析云平台还提供常见个性化分析等服务。将助力BSA成为更快速、更低价、性价比更高的性状定位分析！

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主流程任务投递
首先来认识一下主流程任务投递，老师如果不懂编程语言，但是又想自己上手分析BSA测序数据，只需要打开我们云的BSA分析云平台，即可完成数据上传、参数设置，投递成功后只需要2个自然日即可拿到结题报告。不仅可以下载结果，而且可以在云上面做个性化分析。
更新结题报告
主流程投递完成生成的结题报告，或者由百迈客公司自行分析完成了结题报告，老师即可在线查看报告，并且可以基于结题报告去进行报告中的参数调整，不再需要重新投递主流程， 2小时即可看到新的结题报告。
个性化分析
BSA主流程分析完成后，即可进行本项目的个性化分析，我们根据多年项目经验和售后经验，总结老师的需求并将其开发成个性化分析，目前已经上线的有引物设计、候选区域内突变查询、突变基因筛选三大个性化，即将上线的有基于指定物理位置序列提取、曼哈顿图调整、候选基因富集分析等个性化分析。
BSA基于在群体中挑选极端性状的个体构建混池进行分析的方法，通过研究混池之间等位基因频率的差异，将与性状相关的位点在基因组上进行定位，应用的物种越来越广泛，发表的文章也越来越多，可以说，基于BSA性状定位的方法已经成为当前分子遗传育种的重要方法之一。下面小编给大家准备了两篇BSA的文章案例，让我们看一下BSA在群体定位的作用。
案例一：BSA+遗传图谱+QTL定位+qRT-PCR
文章题目：GeneticmappingandcandidategeneanalysisformelonresistancetoPhytophthoracapsici[1]
发表期刊：ScientifcReports
研究背景
疫霉病是影响甜瓜和其他葫芦科植物最严重的土壤传染病之一，在甜瓜的各个生育期和不同部位都会对甜瓜造成一定的影响，从而导致产量大幅下降；传统的农药防治不能完全抑制疫霉病的发生，而且过多的施用会对环境造成危害。选育抗疫霉病甜瓜品种是解决疫霉病影响的重要方法，明确甜瓜疫霉病抗病遗传机制、定位抗病基因，是进行甜瓜疫霉病抗性分子标记辅助选择育种的重要研究基础。
研究思路

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主要研究结果
1.ZQK9抗病性遗传分析
在接种病菌后，高抗疫霉病品系ZQK9（父本）和易感疫霉病自交系E31（母本）表现出完全不同的表型， ZQK9表现出高抗性，接种后没有任何病症，而E31在接种后3天根部出现病渍， 1周内死亡。在F1、F2、BCIP1和BC1P2群体中，统计表型性状，结果显示，甜瓜对疫霉病的抗性由单显性基因控制，并将其命名为MePhyto 。

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图1ZQK9（左）和E31（右）表型
2.利用F2群体进行BSA性状定位
利用重测测序的方法对两个亲本—RP(ZQK9) ， SP(E31)和两个混池—F2R(resistant),andF2S(susceptible)pools进行测序，测序深度为10× ，以甜瓜基因组为参考基因组，两个混池间共鉴定出2,510,000个SNPs ，利用△SNP-index的方法计算显著关联位点，将关联区域定位到12号染色体上22,075,687–25,394,539的区域内，并利用该区域内的突变位点开发InDel标记，用于后续的定位研究。

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图2BSA定位结果
3.MePhyto基因的定位
利用开发的20个亲本多态性InDel标记，对498个F2子代进行基因型鉴定，结合基因型和表型数据，通过连锁分析， MePhyto被定位到52.44Kb区间内（InDel-63和InDel-82），然后利用BCIP1和BC1P2群体对定位结果进行验证，结果显示，定位结果与F2群体一致。对该区间进行注释，共有8个基因，其中， MELO3C002430被预测为细胞壁连接的类受体激酶（WAK）基因，参与病原菌反应，与植物的抗病性相关。