另一方面，代理模式带来的收入也达不到预期。据华大基因2017年年报，代理模式只贡献了四分之一的营业收入。

临床医学检测市场的商业化路径不顺，结果显而易见。2017年华大基因的营业收入20.95亿元，同比增长22.44%，并未如汪建所想的那般快速增长，甚至比不上该公司对市场投入的涨幅。与此同时，“华创系”等众多同行却在步步蚕食有限的基因检测市场，例如在相对成熟的生育类基因测序服务项目上，贝瑞和康2016年收入超过9亿元，与华大基因平分了这一市场90%的份额。

在最近的《华大癌变》一文中，华大基因由于与第一大客户中国烟草的战略合作而被质疑为后者的“帮凶”。尽管华大方面声称上述合作仅仅限于科研范畴，但难免有临床医疗检测市场开发不利、从而寻求其他商业化路径之嫌。

不论是“举报门”中的特色小镇，还是“华大癌变”中与中国烟草的战略合作，亦或是此前汪建大肆宣扬的“建医院”及其他惊人之作，近年来华大基因的商业化运作尝试不断，但也由此引发越来越多的争论。

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