动不动就发 30+ 分的文章,原来他们是这样研究单细胞的
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正文开始:
随着对细胞生理研究的不断深入,从整体水平分析一个细胞群体内的基因表达已无法满足科研需求,科学家们开始关注单细胞研究。10x Genomics 单细胞 3’端转录组测序及单细胞 V(D)J 测序,利用其微流控芯片技术,能让研究者从一个细胞群体中获得高质量的单细胞表达情况,帮助研究者们更准确的解析单个细胞的行为。
10x 单细胞转录组
细胞异质性(heterogeneity):同一类型细胞中可以存在很多不同的基因型或者亚型的细胞,因此同一种类型细胞在不同的个体甚至同一个体中存在分子生物学、表型、功能等方面的特性和差异。异质性存在于生殖细胞、胚胎细胞、神经细胞、免疫细胞、干细胞、肿瘤细胞等细胞中,这一特征使得单细胞测序研究具有重要意义,所谓的单细胞测序(single cell sequencing,SCS)是指对单个细胞进行 DNA 或 RNA 测序,在此我们主要介绍 10x Genomics Chromium? 平台单细胞 3’端转录组测序的研究应用。
10x 单细胞转录组的技术优势
10x Genomics 的技术核心是利用微流控芯片对细胞进行精确区分,保证每个小反应体系(Gel Bead in Emulsion,GEM)中仅包裹单个细胞。
技术优势
10x 单细胞转录组测序应用成果
从 2016 年底至今,10x Genomics Chromium? 单细胞 3’端转录组测序在单细胞研究领域硕果累累,先后发表了 40 余篇高影响因子文章,其中不乏 Nature、Cell 等顶级期刊。研究细胞涵盖 PBMC、神经、小肠等多种类型,研究方向主要涉及构建细胞图谱、发育分化、癌症和免疫研究等。
(点击查看大图)
已发表 10x 单细胞转录组文章(影响因子分布&文章类型)
适用研究领域
适用细胞类型
生殖细胞、胚胎细胞、神经细胞、免疫细胞、肿瘤细胞、干细胞、其他原代细胞
样品要求
10x 单细胞 V(D)J
免疫是人类和脊椎动物最重要的防御机制,在暴露于外来抗原后产生特异性抗体,其特异性和免疫系统多样性的决定因素取决于 T/B 淋巴细胞的 V(D)J 重组、重组过程中核苷酸随机插入 / 缺失以及体细胞超突变,形成多样化的免疫球蛋白库以微调与抗原的相互作用。免疫系统在自身免疫疾病、传染病、癌症等多种疾病中扮演者至关重要的角色,也正因此免疫组库测序一直是多方领域的研究重点,即以 T/B 淋巴细胞为研究目标,对其产生的多样化免疫分子例如膜型免疫分子 BCR 和 TCR、分泌型免疫分子抗体等进行测序研究。
新技术 10x 单细胞 V(D)J 的优势
传统免疫组库测序利用的是多重 PCR 或 5’RACE 方法,但都存在一定的局限性,如多重 PCR 法扩增范围局限在 CDR3 区、5'RACE 法只能获得单链全长信息等。10x Genomics 单细胞 V(D)J 技术的到来打破了传统免疫组库测序的局限,该技术核心是利用微流控芯片制备单细胞体系,并利用 5' 端接头的通用引物和免疫分子恒定区的巢式引物进行 V(D)J 富集。
技术优势
10x 单细胞 V(D)J 丰富的测序策略
从单细胞悬液到准备测序的 cDNA 文库之间,可以根据不同的研究目的选择测序目标,以下三种文库可自由选择:
10x 单细胞 V(D)J 的研究应用
样品要求
晶能生物项目经验
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文章来源:
晶能生物
图片来源:
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