消化疾病|肠道菌群的重要性值得反复强调，它是驱动人类健康的引擎( 二 ) |

我们所吃的食物会经过肠道微生物的代谢转化，在大多数情况下，健康的肠道细菌会通过将食物代谢成某种能够减少炎症、促进健康和平衡的物质来奖励我们。但是相反，不健康的食物会喂养不健康的微生物，它们可能通过制造一些让身体发炎的化合物来惩罚我们。
【消化疾病|肠道菌群的重要性值得反复强调，它是驱动人类健康的引擎】我们放进嘴里的大多数东西都会被这些微生物所代谢，包括药物。这也有助于解释为什么同样的药物对一个人有效，而对另一个人则可能无效甚至危及生命。例如，化疗药物环磷酰胺实际上就是依靠肠道微生物来激活的，肠道越健康，使用这种药物对抗癌症的效果也越好。

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这并不是我们唯一依赖它们的地方。最重要的是，它们对健康的影响远远超出了肠道本身。要定义人类的整体健康，应该有五个基本要素——免疫、新陈代谢、激素平衡、认知和基因表达，这涵盖了我们作为人类生存所需的一切基础，而肠道菌群与人类健康的所有这五个要素紧密联系在一起。肠道菌群是人类健康的指挥中心，身体各个部位所发生的事情通常都离不开肠道微生物的工作，包括心脏和大脑。
我们可以把肠道想象成一个由许多不同角色的工人组成的工厂。每个工人都有自己的专长，为了工厂的发展，需要大家充分发挥自己的专长。当不同岗位的工人各司其职、互相配合时，工厂就能够健康正常的运行。但是，如果大家分工不明确（比如工程师的工作由销售去完成），或者所有的工作都由同一个人去完成，那么工厂就很难正常运转。
同样，当我们的肠道菌群缺乏多样性时，人类健康的五个要素（免疫、新陈代谢、激素平衡、认知和基因表达）可能就会出现错误。它们都是相互联系的，但其核心都是我们的肠道菌群。
肠道菌群失调就是肠道菌群平衡被破坏，表现为肠道菌群多样性降低、有益微生物大量减少，而促炎症的有害微生物异常增加。这是有问题的，肠道不再受到抗炎症的有益细菌的保护，再加上大量促炎症的有害细菌，这会导致保持肠壁完整性的紧密连接受到破坏，增加肠道通透性，这就是“肠漏” ，这会导致细菌内毒素进入血液，引发全身性炎症。
细菌内毒素是由大肠杆菌和沙门氏菌等有害细菌产生的，它会引发炎症，从低度炎症到危及生命的败血症、休克和多器官衰竭。细菌内毒素血症与许多慢性疾病有关，包括自身免疫性疾病、肥胖、心脏病、2型糖尿病、脂肪肝、骨关节炎、抑郁、焦虑、阿尔茨海默病等等。

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听起来很可怕，但是不要担心，我们有办法战胜它。举个例子：艰难梭菌可能大家很熟悉，这是一种致病性的细菌，它也存在于健康人的肠道中。在正常情况下，健康的肠道细菌可以抑制艰难梭菌的生长繁殖。
但是，如果肠道受损，没有足够的有益细菌时，艰难梭菌就会大量繁殖，变得更强大，导致结肠炎，并伴有腹痛、发烧和严重腹泻。这甚至可能发展成为败血症，迅速夺走最健康的生命。在这种情况下，可能需要紧急手术切除整个结肠，以摆脱感染，挽救病人的生命。
21世纪初，艰难梭菌通常只在服用抗生素的住院病人身上发现。抗生素在杀死有害细菌的同时也会大量杀死有益细菌，从而让具有抗生素耐药性的艰难梭菌大量繁殖并占据主导地位。这个时候通常又会使用另一种更强大的抗生素来治疗艰难梭菌感染。这种方法奏效了一段时间，但是到2010年左右，我们看到了越来越多的抗生素失效的案例。同时，我们还看到艰难梭菌开始出现在一些从未服用过抗生素，也从未住过医院的年轻人身上。随着抗生素的效力逐渐减弱，人们对艰难梭菌感染变得越来越束手无策，有些人需要长期使用抗生素治疗，而更不幸的是很多人失去了他们的结肠甚至生命。