『澎湃新闻』新冠最早鉴定者：病毒或曾隐秘传播，不一定起源于武汉( 三 )

他们将COVID-19的出现和迅速传播称为“一场‘完美’的流行病学风暴” 。这种具有相对高毒力的呼吸道病原体，具有跨越物种界限的不寻常本领。 “事实上，流行病学建模表明，新冠病毒在武汉封城之前就已经在中国广泛传播。 ”
蝙蝠无疑是多种冠状病毒的重要宿主物种。尽管如此，蝙蝠在新冠病毒人畜共患病起源中的确切作用仍未确定。特别是，与新冠病毒关系最密切的蝙蝠病毒是从距离武汉1500多公里的云南省的动物身上取样获得。而来自湖北省的蝙蝠冠状病毒相对较少，其中已经测序的一些病毒与新冠病毒在系统发育树中位置相对较远。
作者们写道：由此得出的简单推论是，我们对蝙蝠病毒采样的时候对某些地理位置有强烈的偏见。这需要在今后的研究中加以纠正。
此外，尽管96%-97%的序列相似性听起来像上述一些蝙蝠病毒和新冠病毒密切相关，但事实上这可能代表了20多年的序列进化。因此，几乎可以肯定的是，更多的采样将确定更多的与新冠病毒关系更近的蝙蝠病毒。
他们强调，在未来新冠病毒溯源过程中的一个关键的问题是，来源于蝙蝠或任何其他动物物种的病毒，是否包含在新冠病毒中发现的关键的RBD突变和相同的弗林酶切位点插入。
除了蝙蝠之外，科学家也要重视中间宿主的作用。尽管蝙蝠可能是这种病毒的宿主，但它们与人类之间普遍的生态隔离使得其他哺乳动物作为“中间宿主”或“放大宿主”成为可能。在中间宿主中，新冠病毒能够获得部分或全部有效的人类传播所需的突变。在SARS和MERS事件中，果子狸和骆驼分别扮演这样的角色。
他们认为，为了确定中间宿主可能是什么，有必要对来自华南海鲜市场或生活在接近人群的动物进行更广泛的采样。
香港大学公共卫生学院新发传染病国家重点实验室管轶教授、广西医科大学胡艳玲教授的团队最近的研究成果显示，他们在走私到中国南部（广东和广西）的马来亚穿山甲中发现了与新冠病毒密切相关的病毒。 “它们携带着一种和新冠病毒相关的病毒，这强烈表明，更多样的β冠状病毒存在于大自然的多种哺乳动物中，但尚未取样发现。 ”张永振等人表示。
新冠病毒或有过一段在人群中的“隐秘传播”阶段
值得注意的是，作者们在文章中提及，基于他们过于研究冠状病毒的经验，除了在动物宿主中发生演化外，早在2019年12月之前，病毒可能已经在在人群“隐秘传播”（cryptic spread）阶段发生了一些关键突变。
具体来说，这种新型病毒在人群中出现的时间可能比设想的更早，甚至不一定是最早出现在武汉，但由于无症状感染现象而未被检测到。病毒在人传人过程中逐步演化出了关键突变，可能包括上述的RBD和福林酶切位点插入，从而变得完全适应于人类。 “直到发生了更多的肺炎病例，我们才能够通过常规监测系统发现COVID-19 。 ”
他们认为，对呼吸道感染的回顾性血清学或宏基因组学研究将有助于确定这种情况是否正确，尽管这样的早期病例可能永远不会被发现。
另一个备受关注的问题是，新冠病毒是否是重组病毒，这种重组是否可能促进了其出现。例如，有证据表明新冠病毒、RaTG13和广东穿山甲之间存在重组，而RmYN02的基因组也同样受到重组的广泛影响。
然而，他们认为，试图确定重组事件的确切模式和基因组起源是困难的，特别是因为许多重组区域可能很小，而且随着对更多与新冠病毒相关的病毒取样，它们很可能还会发生改变。 “为了解决这些问题，有必要再次对动物种群中的病毒多样性进行更广泛的采样。 ”
张永振等人还讨论新冠病毒目前的基因演化。新冠病毒是一种RNA病毒，相对容易发生突变，很明显病毒基因组未来会出现更多的突变，这也会帮助追踪新冠病毒的传播。 “然而，随着疫情的增长，我们的序列样本量相对于病例总数可能会非常小，以至于很难追踪明确的人际传播链。 ”