『澎湃新闻』新冠最早鉴定者：病毒或曾隐秘传播，不一定起源于武汉

早在2019年12月之前，新冠病毒可能已经在在人群“隐秘传播”（cryptic spread）阶段发生了一些关键突变。也就是说，这种新型病毒在人群中出现的时间可能比设想的更早，甚至不一定最早出现在武汉。
上述推测结论来自两位病毒学专家：澳大利亚悉尼大学玛丽·巴希尔传染病和生物安全研究所的爱德华·霍尔姆斯（Edward C. Holmes）教授，以及中国疾控中心（CDC）传染病预防控制所研究员、复旦大学附属上海市公共卫生临床中心兼职教授张永振。当地时间3月26日，这两位“老搭档”联合在顶级学术期刊《细胞》（CELL）上发表了一篇评论“A Genomic Perspective on the Origin and Emergence of SARS-CoV-2” 。

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霍尔姆斯为这篇文章的通讯作者。官网简历显示，他擅长研究传染病的进化和出现，特别是RNA病毒跨越物种界限在人类和其他动物中出现的机制。他同时也是中国疾控中心的客座教授，以及复旦大学的名誉客座教授。值得一提的是，张永振和霍尔姆斯长期保持着学术合作，其合作团队在《自然》等学术期刊上发表多项成果。他们两人在多年前还到访过这场疫情的假设起源地之一——武汉华南海鲜市场。
在此次疫情尚不为外界警觉时，即2019年12月26日，张永振、霍尔姆斯等人获得了武汉中心医院一名患者的病毒样本。 1月5日凌晨，研究团队从样本中检测出一种新型SARS样冠状病毒，通过高通量测序获得了该病毒的全基因组序列（GenBank：MN908947），并立即报告了相关部门。 1月11日，研究团队在病毒学网站（virological.org）发布了所获得的新型冠状病毒全基因组序列，系全球最早公布该病毒序列的团队。
张永振、霍尔姆斯此次在《细胞》的这篇评论文章中，将他们对这场新疫情致病病原体的鉴定，这种新冠状病毒和其他冠状病毒的比较，以及这种人畜共患病何时在人群中悄然出现等问题，均进行了描述和分析。
他们代表了参与新冠病毒初始基因组测序工作的最早一批科学家，试图厘清其起源脉络。
一种新的病毒出现：为何传播更快？
此次疫情临床病例开始出现后，张永振等人即试图确定致病病原体的基因组序列。他们的研究对象来自2019年12月26日入住武汉中心医院的一名患者，当时已经发病6天。该患者出现发热、胸闷、咳嗽、疼痛和虚弱，伴有肺部异常提示肺炎，这些症状随后在COVID-19中很常见。
作者们在2020年1月5日获得一个完整的病毒基因组。初步分析表明，该病毒与SARS样病毒（冠状病毒科）密切相关。他们立即将这一结果报告给了相关部门，并在同一天向NCBI/GenBank提交了基因组序列（Wuhan-Hu-1毒株）。随后，在爱丁堡大学Andrew Rambaut博士的帮助下，作者们于2020年1月11日在开放获取病毒学网站（http:// virological.org/）上公布了该病毒的基因组序列。随后，中国疾控中心在公众访问GISAID数据库(https://www.gisaid.org/)发布了新冠病毒基因组序列，以及相关的流行病学数据。
截至作者们撰写这篇文章，已经有近200个新冠病毒基因组公开可用， “代表了该病毒在中国及其它地区的基因组多样性，并提供了一个可自由获取的全球资源。 ”这些新冠病毒基因组序列数据的发布对诊断测试、疫苗和抗病毒药物的开发来说都至关重要。
作者们提到，尽管回顾性分析已经确认在中国湖北武汉有患者早在2019年12月1日就出现了症状，但第一例新型肺炎（COVID-19）报告是在2019年12月下旬。
新冠病毒感染者的病例数量正在迅速增长并在全球范围内蔓延。然而，实际病例数很可能比报告的数字要大很多，因为非常轻微或无症状的感染者常常未被统计进去。作者们提到，这实际上显然意味着与COVID-19相关的病死率（CFR）将低于目前引用的数据。