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也许最广泛采用的实验范式是将无菌小鼠作为一张白纸或者一个空的容器 ， 将您选择的微生物强加于其 ， 以测试不同微生物对宿主的影响 。
人们可以从患病和健康的个体身上提取微生物群落（通常是以粪便样本的形式） ， 并使这些微生物群落定殖到无菌小鼠肠道中（老鼠很容易吃放在笼子里的粪便） 。 这产生了一些非常有趣的结果 。
这项实验的首批例子之一是发现肥胖小鼠来源的微生物菌群可诱导无菌动物的体重增加和脂肪沉积 （Turnbaugh et al. (2008) Cell Host Microbe 3, 213–223） 。 并且微生物组甚至不需要来源相同 。 随后研究表明 ， 使用肥胖人群的粪便样本也能产生同样的效果 （Ridaura et al. (2013) Science 341, 1241214） 。
很难知道应该如何去解释这样的实验 ， 但有一个诱人的解释是我们的疾病状态在某种程度上反映在了我们的肠道菌群中 ， 反过来 ， 菌群也可以将这些疾病状态强加给我们 ， 这有点像鸡和鸡蛋的问题了 。
这些影响不仅限于代谢状况如体重增加（体重增加可能与这些微生物的所在地胃肠道有关） ， 令人惊讶的是 ， 研究已经证明微生物甚至可以影响我们的神经系统和行为 。 一项特别引人注目的研究表明 ， 将自闭症患者的微生物群移植到无菌小鼠内 ， 会导致动物表现出“孤独症行为的特征” （Sharon et al. (2019) Cell 177, 1600–1618） 。
这些在动物实验中的启发性的结果对科学界、医学界、保健品行业以及普通大众产生了许多重要影响 。 这种通过将健康的微生物组移植到接受者体内似乎可以调节疾病状态的能力 ， 证明了在人类中使用粪便移植物来治疗多种疾病（包括各种肠道疾病）的可信度 。
益生菌的制造商通过声称制作出了一些可使肠道微生物组恢复平衡的药丸来吸引人们的眼球 ， 这种混合物药丸包含一种或多种活细菌 。 医疗保健提供者将益生菌作为治疗包括情绪障碍在内的一系列疾病的常规处方的做法 ， 进一步证明了这种说法的可信度 。 甚至婴儿配方奶粉行业也开始采取行动 ， 许多配方奶粉中都添加了活菌 ， 这种做法的灵感来源是活菌有助于健康微生物组的建立 。
也许最具争议的观点来自于一些早期使用无菌小鼠的研究 ， 比如提到的自闭症研究 ， 认为肠道微生物可能操纵我们的神经系统 ， 并最终影响我们的行为 。 许多其它的证据进一步推动了这一想法 ， 比如肠道微生物产生神经递质的报道 ， 还有肠道严格受神经调控的事实 。
确实存在微生物寄生虫主动操纵宿主行为以促进自身繁殖的先例 ， 狂犬病病毒就是其中之一 ， 它可以促进宿主的侵略行为 ， 特别是咬伤 ， 从而增加宿主的侵略行为 。
同样 ， 亲社会行为有可能使宿主彼此之间更加亲近 ， 从而使微生物更有可能被交换 。 据报道 ， 生活在同一屋檐下的人们（如配偶）的肠道菌群彼此之间更为相似 。 而以社交缺陷为特征的疾病如自闭症等也与菌群失调有关 。 综上所述 ， 有人甚至提出亲社会行为可能是人类或我们祖先选择让微生物定殖的结果 。
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④ 微生物组的负面意见
考虑到肠道微生物组带来的无限可能 ， 一些关于它的期望需要使用确凿的证据加以约束也就不足为奇了 。 特别具有争议的是益生菌治疗人类疾病的有效性 ， 其结果好坏参半 ， 大多没有定论 。近来 Zmora 等人发表在 Cell 上的研究为益生菌干预的失败提供了潜在的解释 ， 该文质疑了使用益生菌操纵微生物组的能力 ， 更不用说使用它们来获得任何临床益处了（Zmora et al. (2018) Cell 174, 1388–1405） 。
研究人员给小鼠调制了一种由 11 种通常在益生菌补品中发现的菌株组成的混合物 ， 然后对它们的胃肠道各个部位进行采样 ， 以查看细菌是否定殖在体内 。 令他们惊讶的是 ， 他们几乎没有发现益生菌任何存在的证据 。
稿源：(热心肠先生)
【】网址：http://www.shadafang.com/c/hn1105c5Z02020.html
标题：质疑|Cell子刊：面对质疑，微生物组研究未来该如何发展？( 三 )
