高拱的性格有些自负和孤傲，他对自身的能力太过自信，对徐阶也有些许不屑。这大致就是矛盾的起始点，小摩擦慢慢变成大矛盾，直到了水火不容的地步。
二、徐阶和张居正草拟遗诏，没有征求高拱同意
在嘉靖帝去世后，便该由内阁起草遗诏，这本应由全体内阁成员商议决定，但徐阶私自和张居正起草了诏书。徐阶作为内阁首辅，就算他自己起草诏书也无人敢说什么，毕竟当时权势最大的就是徐阶。徐阶十分看重张居正，把张居正看作真正的接班人，于是让张居正同他一同起草这无比重要的遗诏。
史料记载：
“阶草遗诏，独与居正计，拱心弥不平。会议登极赏军及请上裁去留大臣事，阶悉不从拱议，嫌益深。”
高拱作为隆庆帝的老师，位高权重，起草诏书此等事情竟然把他排除在外，这令高拱极为愤懑。内阁成员就那么几个人，其他人还好说，只是如此要务并没有叫上高拱，这必定是徐阶故意为之。此时的徐阶和高拱早已走向对立，矛盾公开化，高拱对徐阶的忌恨也变得更深。
在徐阶的遗诏中，大肆批判了嘉靖一系列荒唐行为，比如崇尚道教、方术等弊端。废除了不少嘉靖时期的不合理政策，平反了不少之前治罪的大臣，其次就是安稳地政权交接。
徐阶写的遗诏中对嘉靖的正面评价太少，还不加判别地提拔了大量官员，这也让嘉靖的极端政治变成了另一个极端，而高拱看到了这个缺陷。在高拱复职后，立马就重新给予嘉靖皇帝一个合理评价，也让隆庆新政得以实行。
也就是说徐阶、高拱不仅在性格上不和，政见同样相左，加之高拱有仇必报的脾气，整治徐阶就成了必然。


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三、徐阶曾弹劾高拱，致其罢官
徐阶曾卧薪尝胆多年斗倒了严嵩，为朝廷除掉一大祸害，并把内阁权力提高到史无前例的地步。徐阶的权谋水平已难有人匹敌，于是面对高拱的挑战，徐阶也是慨然接受。
高拱由于没有儿子，就把家安排在内阁值班房附近，以便于上下班。在嘉靖帝重病期间，高拱却经常偷偷出来搬东西，高拱处于内阁高位，这其实也算不得什么过错。徐阶抓住把柄，暗中指挥胡应嘉弹劾高拱擅离职守，好在嘉靖皇帝病重，无暇过问奏章。
当然，胡应嘉弹劾的过程中并没有暴露出徐阶，只是高拱感觉这是徐阶在搞鬼，随即对徐阶更为忌恨和不满。不论胡应嘉是不是徐阶的人，高拱都是必定要报复的。隆庆帝继位后，当时胡应嘉掌管吏部，协助部院考察，在事情快完结的时候，胡应嘉却要求补充。
皇帝对此不太满意，下令要求内阁商议惩处胡应嘉的办法，内阁成员郭朴马上嚷嚷道：

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