终于，至元六年（1340年）二月，元顺帝和他的亲信大臣脱脱抓住了伯颜出猎的机会，果断发动了政变，伯颜被罢黜免官。自此以后，专断权臣的势力得到清理，元顺帝真正开始掌握大权。在罢黜伯颜的过程中，顺帝亲自发号施令，进行决策，开始展露出他的帝王才能。罢黜伯颜之后，顺帝还对文宗的势力加以整肃，比如，将太皇太后迁往别地，以削弱其影响力。这些举措都充分加强了顺帝的权力，为他接下来的一系列作为奠定了基础。
至元六年十月，在罢黜伯颜过程中颇为得力的脱脱被任命为中书右丞相。顺帝宣布改元“至正”，“以至元七年为至正元年，与天下更始”。十九岁的元顺帝和二十六岁左右的脱脱，两位血气方刚的年轻人，锐意改革，推行新政，史称“脱脱更化”。


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首先，脱脱恢复了科举制度，重开取士之门，在他的主持下还先后修撰成辽、宋、金三部正史，儒治之风一时兴起，这有利于缓和元朝政权与汉族的矛盾。其次，脱脱还整顿腐坏的吏治，并努力吸取隐藏民间的人才进入政权，这对整肃政权内部秩序起到了一定作用。脱脱重视农业发展，他下令颁行用于指导农业生产的农书《农桑辑要》，并且减轻赋税，促进农业生产。正是在元顺帝和脱脱的共同努力下，岌岌可危的元朝政权得到了喘息的时间。
但好景不长，就在一系列改革措施逐渐展开和深化的至正四年（1344年），脱脱却以身体多病的理由请求离职。宗教神秘的预言让脱脱意愿更坚，遂接连十七次上奏请求辞官，顺帝同意了。虽然脱脱离场，但在之后五年中，顺帝也并没有失去进取之心，他把自己的关注点放在了庞大帝国的基层代理人——官员上，官员的贪或廉、贤或昏往往影响着政权的信誉和政策的执行程度，这也是蒙元政权的软肋。元顺帝很重视任用地方守令，他明白这些人在帝国机制中所具有的重要作用。然而，遣官派令的政策固然出于好心，在已经腐化的体制中推行反而起到了负面的作用。另外，至正四年（1344年）之后，中国进入了灾害多发期，华北平原尤为严重。天灾不断，灾异频频，人民难以生存，纷纷流亡，甚至一度影响到了大都。


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等到至正九年（1349）闰七月，脱脱再次被起用为中书右丞相时，他们所要面对的已经是一个在天灾和人害的摧残下岌岌可危的国家了，他们所能做的似乎就是充当“救火队长”了。脱脱先后被派去治河和出征平叛，在这个过程中，昔日锐意图治的伙伴也因为种种原因而渐渐分道扬镳。至正十五年（1355）底，脱脱最终被政敌毒死，只是不知道是否出于顺帝的意思，但他确早已失去了顺帝的信任。

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