在获得平壤大捷后，矛盾虽然发生，还没有到被激化的地步，随后发生的碧蹄馆之战，则成为了矛盾激化的导火索。
碧蹄馆一役，李如松并没有带南兵，带的都是自己的家丁和北兵。
战后，经略宋应昌就指责李如松“轻犯敌锋，几致不测”，“大将一死，皇威大损”。
客观来看，小院认为宋应昌批评的没错，李如松的性格就是轻敌冒进。仅仅五年后，他又是因为冲动轻敌而中了蒙古部落的圈套阵亡，英年早逝。
从这点上来看，其实碧蹄馆之后，他就应该吸取教训。
其次，南兵将领也抓住这个机会对北兵冷嘲热讽，以解心中不快，比如南兵将领王必迪就质问李如松：“大军不为前进，只率先锋往击，一有蹉跌，大军挫气而退，以是言之，非不智而何？”
下级对上级这样质问，可说是相当无礼了。除了王必迪，骆尚志、吴惟珊等南兵将官也都指责纷纷。
在南北之争愈演愈烈，身边精锐损失惨重，粮草又难以为继的情况下，李如松战意愈发消沉，他拒绝了朝鲜官员继续进兵，收复王京的请求，一路后撤，一直撤到了平壤。
至于理由，他干脆推给了宋应昌：
《朝鲜王朝实录·宣祖实录》：俺非不欲为，但经略令我往平壤留待云...武官受制于人，而不能自擅，故累请于经略，催兵进剿，而经略以为“讲和则朝鲜可以无忧”。
李如松统领的入朝之战，随着碧蹄馆战后和议的开始和随之而来长达两年的停战而告一段落，他本人调任辽东总兵官，经略宋应昌也被召回国，随后退休，原来的领导层已全部换人。
但遗留下来的问题并没有得到解决，甚至发生了万历二十三年的“蓟州之变”。
蓟州之变发生在九边重镇蓟镇，策划和执行者是蓟镇总兵王保，造成的后果是数千名南兵被自己军中同僚所杀，原因则正是因为第一次入朝作战的遗留问题：因封赏不公和欠饷所导致的南北兵不和。
蓟州之变对南兵的打击无以复加，等到朝鲜战事再次爆发，南兵已不够人数出征，吴惟忠再回义乌招兵的时候，再也没有当年踊跃报名的那种状况了，“今召募未集，部伍不敷”，只能以其他兵员凑数。曾经辉煌的戚家军，就此逐步走向没落。


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南北兵之争，并非是一起孤立的事件，它是明朝军事上的不可言说之痛。
表面来看，发生争端的原因是战争中的封赏不公。
宋应昌是杭州人，与南兵关系较好。李如松是北方人，世代都是北军将领，他们所代表的，正是两个军事集团的利益。平壤战后请功，两人的争端，也是摩擦的体现。而在战场上，李如松的军令不严，导致抢割首级的情况出现，使得矛盾扩大化又有了基础，

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