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其次最严重的就是孤雌生殖会破坏加州秃鹰的种群多样性 ， 尤其是如今加州秃鹰的种群数量本来就稀少 ， 种群基因数据本来就有限 。
保持种群基因的多样性非常重要 ， 这也是为什么对来自每只加州秃鹰的DNA数据进行了编目 ， 整理到数据库的原因 ， 总共有1000多只加州秃鹰 ， 将这些信息汇编到一个数据库中 。
圣地亚哥动物园野生动物联盟保护遗传学副主任辛西娅·斯坦纳说：
“研究加州秃鹰的科学家经常对这些鸟类进行基因分析 ， 以确定它们之间的关系 ， 这使它们能够有效地繁殖 ， 从而保持种群的遗传多样性 。 这种方法有助于防止近亲繁殖和遗传性疾病的发展 ， 如营养不良 ， 其特征是胚胎畸形和胚胎后期死亡 。 ”

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中国科学院动物研究所的王乐韵曾这样评价过孤雌生殖 ， 对哺乳动物等原先采用有性繁殖的生物来说 ， 选择孤雌生殖将对种群基因的多样性造成损失 ， 丢失有利的突变 ， 最终导致物种退化甚至灭绝 。
【没有雄性参与，2只母秃鹰未受精就生蛋产崽，科学家：这并非好事】圣地亚哥动物园野生动物联盟的科学家也表示：“当动物有性繁殖时 ， 雌性和雄性对基因构成的贡献是相同的 。 但在这两只加州秃鹰中 ， 我们在数据库中找不到任何雄性秃鹰的贡献 ， 这是一个危险信号 。 ”
这可能就是加州秃鹰的悲哀 ， 在种群陷入灭绝的情况下 ， 它们只能饮鸩止渴 ， 如何才能让加州秃鹰摆脱这种境地 ， 只有逐渐增加秃鹰种群的数量 ， 才能使秃鹰们能够更好地繁殖 ， 慢慢减少孤雌生殖的现象 ， 最终让秃鹰种群得以更好延续发展 。

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