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动物考古学是考古学和古动物学相结合的交叉学科。科技手段的出现和日趋进步，让这一交叉学科逐渐成为学界热点——稳定同位素生物考古、古DNA研究等，让研究者能够通过古遗址出土的动物遗存，来揭示古代人们选择食物、狩猎、饲养家禽家畜等方面的经济生活和文化生活概况。对于没有文字记载的史前遗址，动物考古能够为勾勒那时人类的生活场景提供更加可靠的证据。
1.动物考古是探索人类文明发端的窗口
随着更新世晚期末次冰盛期的结束，全新世大暖期开始到来了，人类历史的进程从旧石器时代进入新石器时代，先民的生存环境得到极大的改善。在温暖湿润的环境中，新石器时代先民利用和开发自然资源的方式和方法也开始发生了革命性变化。其中，先民开始有意识地控制、管理甚至驯化动物，导致了家畜的出现。
家畜的出现和饲喂，不仅为人类提供了稳定的肉食资源，改善了人类的食物结构和生活条件，还加速了社会的复杂化进程以及人类文明的发展和传播。此外，家畜作为社会财富的重要体现形式，在人类的仪式性活动中扮演着重要的角色，有效地影响着古人的社会习俗和精神生活。
深入探索家畜的起源与驯化及其背后的文化事件，不仅有助于揭示家畜在古代农耕社会乃至人类漫长生产生活中的作用和意义，而且有助于了解人类社会的复杂化进程。因此，家畜起源及其驯化的研究一直是各个学科关注和研究的热点和焦点问题。
2.鉴别是否为家畜的几种科学方法
广义上而言，家畜起源的研究主要包括家畜是由何种物种如何进化而来，最早的家畜出现于何时何地，现代各家养动物种的祖先及起源地等问题。家畜起源与驯化研究的核心问题是家畜与野生动物的鉴别，特别是驯化初期家畜与其祖本野生动物的鉴别。
多年来，世界范围内诸多学者从动物考古学和分子生物学等视角提出了一系列鉴定的标准，勾勒出猪、狗、牛、羊等动物起源和驯化的时间轴，并讨论了相关家畜驯化的动因和机制。
动物考古学通过观察和测量考古遗址中动物遗骸的形态特征，即骨骼和牙齿的形态、尺寸大小、病理特征和性别年龄分布等，并和现代家畜及其野生祖本进行比较分析，结合考古背景资料，识别并判定其是否为家畜。
分子生物学是研究家畜驯化和起源的另一重要途径。动物遗骸中的古DNA记录了动物生命个体发展和变化的痕迹，因此通过现代和古代家畜及其野生祖本中的DNA分子标记分析，比较它们之间的谱系及亲缘关系，即可了解现代和古代家畜与其野生祖本的承继关系，探明家畜驯化的遗传特征。
然而，需要特别指出的是，只要骨骼和牙齿形态上符合现代家畜的标准，那么这些就一定是经过漫长驯化后被选择的动物，因此这些动物就应该是家畜。同时，通过考古遗址出土的动物骨骼和牙齿的DNA研究，依据现代分子生物学的原理，可以大致追溯野生动物和家畜DNA分野的时间点，但在相应的时间范围内寻找家畜驯化的实物材料，特别是驯化的家畜本身的遗存，几乎比登天还难。
3.同位素分析为家畜驯化初期的鉴别开辟新途径
发轫于20世纪80年代初的稳定同位素分析，是通过对考古遗址中出土人（动物）骨或牙中的稳定同位素分析，是揭示先民（动物）食物结构和生存环境的主流方法。根据“我即我食”的原理，人或动物硬组织（包括骨和牙）的化学组成与其食物中的化学组成密切相关。
当人和动物的食物来源不同时，其硬组织中的碳（C）、氮（N）稳定同位素组成也就存在较大差异。通过对它们的分析，可揭示其生前10年左右的食物结构、生活方式以及生存环境。与骨相比，牙齿（臼齿）自萌发至完全长成后，就属于“死组织” ，其化学组成始终保持不变，并与人类（动物）幼年期的食物结构及栖息地休戚相关。若比较人类（动物）牙齿和骨中化学组成的异同，还可进一步了解该个体的食物结构和生存环境的变迁。