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科学的发展，就伴随着对神学的质疑，比如泰勒斯通过对地震独有的解释，而抹去了海神波塞冬存在的意义。其他文明难以发展出先进哲学，多和神学统治力过强有关，比如禁欲、尊礼、崇圣、素食、笃信教义等。同时，神学已经有一套完整而“放之四海而皆准”的学说，包括但不限于轮回、灵肉、宇宙等方方面面，让人民不疑有他，思想逐渐禁锢，成为既定轨道上运转的机器。

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泰勒斯的理论奠基了哲学和科学的道路，梭伦的改革埋下了民主和宪政的种子，古希腊的开明，让这里的先贤保留了思辨、批判和探索精神。米利都的辉煌并没有持续太久，公元前494年，在一次反抗波斯帝国的尝试之后，米利都被波斯人洗劫一空、夷为平地，大部分市民被当作奴隶流放到波斯湾。

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至此，米利都文化结束了它在古希腊文化中的首席地位。一个世纪后，这座城市废墟重生，再度繁盛起来，但是古希腊的哲学中心，早已从米利都转移到了其他地方，并相继涌现了许许多多伟大的哲学、科学家。米利都作为哲学发祥地，退出了历史舞台，然而它给人类带来的财富却是数之不尽的。爱琴海开明的风气，古希腊独有的体系、海港的商业繁荣及相对富庶的经济，共同造就了公元前6世纪这里的思想繁荣。

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