科研风暴人类细胞图谱（HCA）计划：大型、权威的单细胞测序数据来源

_本文原题：人类细胞图谱（HCA）计划：大型、权威的单细胞测序数据来源
背景介绍人类细胞图谱（Human Cell Atlas）计划是一项与“人类基因组计划”相媲美的大型国际合作项目（比如华大基因、扎克伯克、南方科技大学等名企名人名校都参加在内），致力于建立一个健康人体所包含的所有细胞的参考图谱，包括细胞类型、数目、位置、相互关联与分子组分等，旨在全面解码人体所有细胞的类型、数目、位置、相互关联与分子组成等，构建细胞基因表达等高维数学特性的精细图谱，建成人体发育、生理、病例的完善和精细的参照系，最终建立全息生命信息网络。这项计划目前已经得到了不同类型的图谱。已收录33个组织、289位供体、450,0000个单细胞的测序数据，并在持续更新中。如果说分子作图可以产生某种细胞类型的转录本、蛋白质或表观遗传学表达谱，功能和形态学作图将这些表达谱与细胞行为及外观链接了起来，而空间作图则将细胞定位于某个组织或器官之内。在这几个方面和层次上建立起来的人类细胞图谱计划，汇编了一套人类细胞的参考数据集。这对于生信研究无疑提供了一个大型、权威的单细胞测序数据来源。
长远来说，人类细胞图谱计划， HCA旨在描述人体中每个细胞（约37万亿个）的详细特征，呈现不同类型细胞在人体组织的3D结构，勾勒所有人体系统的相互联系，揭示图谱变化与健康和疾病的关系。人类细胞图谱计划将彻底改善人们对疾病的理解、诊断和治疗。
Human Cell Atlas https://data.humancellatlas.org/
一起来看看如何从Human Cell Atlas上获得所需要的单细胞测序来源。
方式1 在首页进行简单搜索：

本文插图
方式2 用专业搜索模块：Explore
该界面以列表形式呈现，主要是数据的一些基本信息（项目名，物种类型，测序平台等）。点击“Export Selected Data”按钮即可下载相应的数据。

本文插图
【科研风暴人类细胞图谱（HCA）计划：大型、权威的单细胞测序数据来源】
这一模块专用于查询数据，在上半部分，用户可以通过选择物种、捐献机构、组织类型、样品、方法、文件的形式来查询特定细胞，并在筛选框下显示相应所能提供的Donors、Specimens、Estimated Cells、Files、File Size数目，如下：

本文插图
所支持的筛选方法
下半部分是提供的细胞信息相关信息，会和筛选后信息同步，点击左侧标题会跳出细胞的种群结构，或者单细胞参考图，可以提供元数据和矩阵下载。 HCA数据库目前主要聚焦在正常组织，以项目名的形式呈现，要想追溯到相关的支持文献，要自行搜索。

本文插图
点开项目展示的细胞项目描述、联系方式、详情

本文插图
在search 的子模块Samples ，可以看到样本编号、项目名称、种类、样品类型、器官、器官部分、所选的单元格类型以及建设方法、配对方法、分析方案、年龄、性别、疾病情况、细胞计数。在右上方可以一键导出这些数据。可以看到网站是对不同生命阶段的细胞类型和细胞状态进行了分类，目的是通过将参考数据与从疾病患者中获得的数据进行比较，从而揭示致病机制。毕竟病变器官或组织中细胞类型组成的差异，可以从单细胞转录组数据中获取。