自由之子|美帝国主义太过霸道，911恐怖袭击发生后竟逼迫小日本改名字( 二 ) 潜龙谍影|小岛秀夫|预告片

【自由之子|美帝国主义太过霸道，911恐怖袭击发生后竟逼迫小日本改名字】游戏中的很多与曼哈顿相关的剧情都被删减和改动，例如在原本的最终战前，巨大战舰“Arsenal Gear”会冲上纽约市中心，在将大半个曼哈顿夷为平地的同时，还摧毁了自由女神像，这个情节在游戏的正式版中被删减，自由女神像“幸免于难” ，在Arsenal Gear被摧毁后，雷电和索利达斯便直接在联邦国家纪念堂上展开最终决战，另外一个比较小的改动是雷电的日本名字，在最开始的设定中雷电的日文名为片假名，由于日文读起来和拉登极为相似，因此在911事件发生后片假名被统一换成汉字的雷电。
《自由之子》将其系列的世界观进一步延伸，神秘又强大的“爱国者”组织逐渐浮出水面，几乎所有角色都主动或被迫卷进一个巨大的阴谋网当中，然而在谍战题材的主线剧情下，却是小岛秀夫一次大胆的叙事革新， “第四面墙”也因此被多次打破，在游戏流程的后半部分，雷电不幸被俘、装备全丢，只能在一丝不挂的状态下尝试越狱，不得不一边滑稽地保护自己的重要部位、一边躲避敌人，而就在此时诡异的剧情开始发生，雷电一直信赖的上校竟然要求屏幕另一头的玩家“关闭主机” ，背景画面不断闪现出以往作品的画面，上校则会不停暗示这一切只不过是一次VR训练，之前所经历的事情全都是假的。
甚至在之后与斯内克并肩作战的过程中，还会出现虚假的“Game Over”画面来迷惑玩家，除此之外，主线剧情还在结局部分戛然而止，无论是爱国者，还是携带着“Metal Gear Ray”逃逸的左轮山猫，都与此时的雷电和玩家无关，玩家就和游戏中的雷电一样，一直被某个强大的力量控制着，没有成为剧情的推动者，反而被剧情所推动，这种强烈的无力感使二代剧情成为系列最富争议的一部作品，但与此同时也让本作的主题得到升华。
如果说初代的主题是“基因” ，那么《自由之子》的主题就是“信念” ，在游戏的剧情中，爱国者操控着雷电，而在现实中，玩家被预告片、被游戏中的各种信息所“欺骗” ，通信技术的进步反过来阻碍信息的传递，在现实中也是如此，人们在社交媒体上过度分享和接受各种信息，却缺乏自己的思考和信念，在不知不觉间被舆论所控制，很难想象到这种观点出自于一个发售于19年前的游戏，或许也正是因为如此，《自由之子》才能和小岛秀夫的其他游戏一样，成为游戏历史上的一块瑰宝。