萱草|地球上到底有多少物种？99.999%的种类你们没发现( 二 ) 英国每日邮报报道

相比于一代测序，二代测序最大的进步是采用了大规模平行测序(massively parallel)理念，以及边合成边测序(SBS)方法。这样能够在一定时间内检测更多数据，节省大量时间。
在成本和通量上，二代测序都可以说无可挑剔，但过短的读长却成了二代测序的硬伤。 reads的大小只有几百bp ，而整个基因组的数据量往往多达数G ，怎么把这些不计其数的reads按顺序拼成一个完整的基因组于是成了新物种测序的核心问题。
如何解决读长问题呢？追求长度长的三代测序应运而生了。
对于二代测序和三代测序的特点有一个形象的比喻：二代测序是吃米饭，三代测序是吸面条。二代高通量测序和三代单分子测序的区别可以用“吃米饭”和“吃面条”来形容。
二代术像吃米饭，一粒粒的很短，但是同时能吃很多粒；三代测序像吃面条，抓住一头一吸，从头读到尾，一次只能吃一根。（当然实际肯定不只一根，只是数量少于2代）二代测序把基因组染色体打断成了无数小片段，同时对许多小片段测序，如同吃米饭一样一口就吃进去许多粒米。
而三代测序则像是在吸长寿面一样，它不把长片段打碎，而是从长片段的一端像吃面条一样不把面条咬断一口气吸下去，直到吸到另一端把面吃完。
二代测序实现高通量的核心思想正是前面提到的大规模平行测序（massively parallel）。也正基于“吃米饭”的道理，通过把长片段打断成小片段来实现对几十万个到几千万个DNA短片段的同时检测。通过小片段来实现高通量，这不幸使得通量与读长陷入了一个鱼和熊掌不能兼得的困境。
人们对基于纳米孔技术的三代测序一度报以极大的希望，但纳米孔技术的不成熟使得希望一再落空，最终向传统光学信号妥协的pacbio率先发布了实用化的三代测序仪。它的平均读长达到了3000bp（3kb），而最高读长甚至达到了40000bp（40kb），但成本与通量均弱于Illumina二代平台，只有300MB ，而且错误率高达15% ，远高于二代测序。
在纳米孔测序依然遥遥无期的今天，利用已经成熟的现有技术开发新测序平台不失为一个不错的选择。在不打断片段的情况下对长片段进行多段同时测序，兼具了二代测序与三代测序的优点，是一个可供参考的发展方向。