『肺炎』深度学习判别新冠肺炎准确率达九成,《Radiology》收录研究成果( 二 )


为了减少实验出现偏差的可能性 , 这些数据分属于六家不同的医院 , 同时将收录时间控制于2016年8月16日至2020年2月17日 , 其中COVID-19部分仅使用采集于2019年12月31日至2020年2月17日间的数据 。
由于不同医院使用的CT设备厂家存在差异 , 所以本次实验所用的影像均从DICOM文件导出 , 所有CT切片厚度控制在0.5mm至3mm之间 , 图像矩阵大小为512*512 , 图像分辨率大小在0.29*0.29mm2到0.98*0.98mm2之间 。
『肺炎』深度学习判别新冠肺炎准确率达九成,《Radiology》收录研究成果
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Fig.1:算法流程图
Fig.1是本论文算法的整体流程图 , 主要包含四个步骤:
第一步 , 模型训练和测试数据库的构建 。 按照上述数据介绍进行处理 。
第二步 , 是数据集的预处理 , 包含数据增广和肺部区域的分割 。 本论文采用基于U-Net架构的网络进行肺部区域的分割 , 以便去除非肺区域对后续检测算法的影响 。
第三步 , 将预处理后的数据集输入到COVNet网络进行深度学习算法的训练 。
第四步 , 对独立测试集进行预处理(肺部区域提取) , 输入到第三步中训练好的COVNet模型中进行预测分类 。
科亚医疗将这个用于检测COVID-19的3D深度学习框架命名为COVNet 。 这一卷积神经网络以Resnet50为主干 , 能够从输入CT影像中同时提取2D局部和3D全局代表性特征图(如Fig.2) 。 COVNet使用最大池化层和全连接层来综合分析这些特征图 , 最终产生每种类型(COVID-19 , CAP和非肺炎)的概率评分 。
『肺炎』深度学习判别新冠肺炎准确率达九成,《Radiology》收录研究成果
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Fig.2:新冠肺炎检测神经网络COVNet框架图 COVID-19:新冠肺炎;CAP:社区获得性肺炎;Non-Pneumonia:其他
统计与结果
统计数据显示 , 将COVNet应用在工作站(GPU NVIDIA Quadro M4000 8GB , RAM 16GB和Intel Xeon Processor E5-1620 v4 @ 3.5GHz)上 , 每次CT检查肺炎预测所耗费的平均时间为4.51秒 , 远远快于医生单个CT影像组阅片速度 。
而在检测准确度方面 , 算法对于COVID-19检测的灵敏度和特异性为90%与96%;对于CAP检测的灵敏度和特异性为87%与92%;而对于非肺炎影像 , 算法的灵敏度和特异性为94%与96% 。 检测结果详见Table1 。
『肺炎』深度学习判别新冠肺炎准确率达九成,《Radiology》收录研究成果
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Table1:深度学习框架COVNet在独立测试集上的性能
为了提高模型的可解释性 , 科亚医疗采用梯度加权类激活映射(Grad-CAM)方法 , 实现推动深度学习模型决策重要区域的可视化 。 以下三张图片(Fig.3a,Fig.3b,Fig.3c)分别以区域热图的方式展示了COVID-19、CAP与非肺炎三种情况之下 , 引导深度学习算法作出决策的区域 。
通过这种方式 , 我们能够很轻易地了解深度学习关注的影像特征 , 而这些影像特征给研究人员具体研究COVID-19影像特性指出了明确的方向 。
『肺炎』深度学习判别新冠肺炎准确率达九成,《Radiology》收录研究成果
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Fig.3a COVID-19预测输出热图 , 红色突出显示与预测类别相关的激活区域
『肺炎』深度学习判别新冠肺炎准确率达九成,《Radiology》收录研究成果
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Fig.3b CAP预测输出热图 , 红色突出显示与预测类别相关的激活区域
【『肺炎』深度学习判别新冠肺炎准确率达九成,《Radiology》收录研究成果】
『肺炎』深度学习判别新冠肺炎准确率达九成,《Radiology》收录研究成果
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Fig.3c 非肺炎预测输出热图