后来，朱棣想要方孝孺起草即位诏书，方孝孺坚决不从：“死就死了罢，诏书我绝不能起草 。”朱棣发怒，命令将方孝孺车裂于街市 。
方孝孺慷慨赴死，作绝命之词说道：
“上天降下战乱忧患啊，谁知道其中的缘由，奸邪的臣子如了愿啊，求取国柄耍弄计谋 。忠正的臣子愤怒悲怨啊，血泪淌流；以此血泪为君殉葬啊，或者另有什么企求 。呜呼哀哉的悲鸣啊，大概不是我的怨尤 。”
时年四十六岁 。
方孝孺的着作从此也被列为禁书，永乐年间凡藏书者皆为死罪 。但是，仍有人冒死藏之，如《侯城集》等，使方孝孺的文章得以传世 。
身后之事

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明神宗初年，有诏旨褒扬、编录建文朝的忠臣，在南京建了表忠祠，第一为徐辉祖，其次就是方孝孺 。

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