蓝猫眼睛之所以会变色，是因为小幼猫的眼睛上都有一层蓝膜，长大之后这层蓝膜就逐渐的消失了 。
首先，虹膜色素沉淀和蓝光反射决定了猫科动物的眼睛颜色 。
虹膜的色素沉淀是由黑色素导致的，并且颜色排列从柠檬黄到淡褐色到深橙色或是棕色 。另外 “透明的”眼睛结构(晶状体——认为是这个)也象一块玻璃一样反射外来的光线 。如果从正面看，玻璃是没有颜色的，但是慢慢移动角度，会看到它呈绿色或是蓝色 。同样的，猫科动物眼睛的透明结构也呈透明的蓝色，深浅排列从无色到很深的蓝色或象紫罗蓝那种蓝色 。这种蓝色光线反射的颜色组和加上虹膜色素沉淀所产生的颜色构成了猫所有的眼睛颜色 。
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虹膜色素沉淀和透明结构色素都是由染色体上不同位置的多个多基因控制的 。同窝的小猫从父母那里混合地继承了这些多基因并且产生了不同的眼睛颜色 。不同的多基因混合导至颜色深浅的排列 。
猫出生时，一般身长为11-15厘米，体重为70至135克 。新生小猫眼睛尚未睁开，耳朵反摺，所以既看不见也听不见 。小猫发育的第一个进展是，5-10天开始睁眼;8-12天眼睛才能完全睁开 。眼睛的颜色通常为灰蓝色，大约在六到七周大时，这种早期的颜色开始变化，蓝膜会褪去，逐渐定型，但是也有到三四个月大的时候眼睛颜色才固定下来 。在一只猫的一生当中，疾病和伤害能够导致眼睛颜色的变化 。
基本上，小时候虹膜天蓝色或者浅蓝色的，大了还是蓝色;小时候虹膜蓝灰色，大了以后不太会出现蓝色，但是是黄色还是绿色或者黄绿说不定，终归于它原本的品种应有的眼色素 。
【蓝猫眼睛颜色变色过程】一般蓝眼白猫和鸳鸯眼白猫，有一定遗传耳聋的概率 。