如雷贯耳的意思和造句（如雷贯耳的惯什么意思） _的

文章插图
作者：麦子
Blast（Basic Local Alignment Search Tool），可谓生信领域最常用的工具，拿到一段序列（测序结果，或设计好的引物等等），一般都会去blast一下，查找相似序列。在查找相似序列的基础上衍生出了各种作用，比如鉴别基因组，蛋白质，查找特定靶区，检验引物特异性等等。自打1990年由Altschul SF等人开发出来， NCBI引进，至今还在改善，更新算法。
量身选用数据库
网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
做BLAST不仅要考虑选择哪种算法，还要考虑选哪个数据库来比对。我们最常用的可能就人类或小鼠基因组+转录组，但仍可根据自身情况选择合适的数据库，能大大节省检索时间，并提高返回的结果的质量和特异性。

文章插图
【如雷贯耳的意思和造句（如雷贯耳的惯什么意思）】不过这么多库怎么选呢，可以点一下旁边的问号（Help），查看选所的数据库的说明：

文章插图
再者，如果你已经知道你要查的序列来自哪个物种，或你要跟哪个物种比对，也可以在Organism选项框中输入，也可以减少BLAST的操作程序，节省时间。

文章插图
不同的序列要用不同的算法
BLAST工具跟一套手术器械似的，不同的算法干不同的活，得根据自己需要的信息，选择需要的工具。可以看到检索页面上方有5个选项卡，分别代表5种查询类型。

文章插图
各大类之下可能还有几个小分类可选：

文章插图
它们的功能要点总结如下：

文章插图
结果解读
找一小段蛋白序列来试一下那个新算法Quickblastp 。可能是我的序列太短了，并没有感觉到Quick (0.0) 如果你的序列够长可以体会一下。
首先会看到一个表头，展示这次比对的基本信息，如比对类型、序列长度、所选的数据库等等，就不贴图了。
接下来就是图形描述（Graphic Summary）。

文章插图
第一部分是保守域，当检测到时才会显示。
第二部分是比对上的序列（hit）在查询序列上的分布。有刻度的条带是序列的坐标，其下的每一个细条带代表一段hit ，其颜色是按上方的颜色标尺显示比例得分（alignment score），得分越高，相似度越高。另外还可注意E value ， E值越低，相似度越高，点击可显示详细信息。
保守域也可点开查看详情，在每个hit上悬浮鼠标可看到它编码的蛋白的3D结构图以及功能等详细说明，在下方的列表中点开+号还可看到具体的序列。

文章插图
这样便可对你的序列特征和功能有个大致的了解。
参考资料：
1.http://bitesizebio.com/21223/how-does-blast-work/
2.http://bitesizebio.com/26522/blast-off-the-basic-local-alignment-search-tool-explained/
3.ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/factsheets/HowTo_BLASTGuide.pdf
投稿邮箱： tougao@helixlife.com.cn
合作微信：helixlife6