因为交通方式的改变，最终导致安徽省会由安庆迁到了合肥 1725年4月22日

1725年4月22日，清廷宣布增设安徽学政一职。 5月14日，雍正诏令孙嘉淦（gàn）为首任安徽学政。此后，孙嘉淦就走马上任了，不过他赴任的地点并不是安徽巡抚的驻地安庆，而是安徽省太平府的府城当涂。虽说并没有一省之学政必须驻在省会的制度，但安徽学政驻在距离南京很近的当涂，也确实反映出安庆的尴尬。
实际上，有清一代，安徽学政只在同治的十三年间驻在安庆。不仅如此，按惯例乡试应当在每省的省会举行，可一直到1905年清朝废除科举为止，安徽的乡试就一直没有与江苏分开过，安徽的秀才们都要去南京的江南贡院参加乡试，这也是安徽学政驻在当涂的重要原因。可见，清朝时安庆的这个安徽省会确实有些名不副实。

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江南贡院
说起这其中的缘由，还要从安徽建省说起。在明代，现在的江苏、安徽、上海因地处留都南京附近，被划成南直隶。清代将南直隶改为了江南省，这个江南省地盘大不说，又是天下财税首要之地，为防止地方割据， 1667年，清廷将江南省分成了江苏、安徽两省，安徽巡抚、安徽按察司（管司法）驻在安庆府，名义上，安庆算是安徽的省会了。
不过，从安徽地图看，安庆太偏西南了，距离皖北太远，实际上，并不是省会的首选之地。而清廷选择安庆作为省会，显然是站在了全国一盘棋的角度上。大家都知道，清代时，我国经济中心已经完全在江南了，需要靠南粮北运方能支撑京师的运转，漕运也就成了大清帝国的命脉。而安庆及其周边地区，本身就是重要的粮食产地、是漕粮重要的起运点不说，安庆还扼守长江的咽喉，湖北、湖南、江西的漕粮通过本省水系进入长江水道后，都要从安庆这个咽喉之地通过，将安徽省会放在安庆，有利于加强朝廷对全国漕运系统的掌控，确保南粮北运的安全。

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江南省
但前文又说过，安庆在安徽省的位置太偏，所以，尽管在1667年分省，处于方便的考虑，距离皖北更近、又与皖南交通便利的南京承担了不少安徽省会的职能，比如前文说的考试，再比如分省后，掌管安徽民政和财税的安徽布政使仍驻在南京。
直到1760年，乾隆才将安徽布政使迁到了安庆，安庆算是完整的安徽省会了。此次迁徙安徽布政使，倒不是为了加强安庆的地位，而是出于江苏分治的考虑。自1667年分省后，江苏巡抚、江苏布政使驻在苏州，两江总督则驻在南京，出现了两个省府的局面。又因江苏财税实在太多，为了削弱江苏布政使的财权，在1760年，乾隆在南京设立了江宁布政使，这样江苏布政使只管理苏南，江苏其余地方的民政、财税均由江宁布政使管理。而总不至于一个城市有两个布政使吧，所以原驻南京的安徽布政使只得迁往安庆。

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虽然有些曲折，安庆也算是修得正果。那时的合肥县尽管是庐州府的府城，其实也就是几万人的小县城，与安庆无法相提并论。只是到了近代，伴随着交通方式的改变，安庆与合肥这两个城市的地位发生了逆转。
因为黄河改道、太平天国战乱，近代以来，漕运的地位就逐渐下降。到了19世纪末，全国开始兴建铁路，铁路开始代替漕运，成为主要的运输方式，依靠漕运兴旺的安庆，地位也因此下降。而对于安庆来说，最致命的是，安庆并没有跟上时代的步伐兴修铁路。其实，清末时候，安徽曾为省城安庆谋划了安正铁路。这是一条从安庆经六安到寿县正阳关（后规划延长到阜阳）、贯穿安徽南北的通道。只是，这条铁路最终停留在了图纸上。

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清代安徽行政区划图
与安庆相反的是山东济南。山东省会在明朝时迁到济南，也是为了对运河的控制。在清末漕运衰败后，山东境内兴建铁路，济南成为津浦铁路和胶济铁路的交汇点，从掌控漕运转变为山东的铁路枢纽，这个华丽转身，确保了济南山东省会的地位。
而原本在省内的位置就太偏，在漕运衰败后又没有铁路，安庆的地位从此一落千丈，迁省会就提上了议事日程。 1912年津浦铁路通车，皖北的蚌埠迅速崛起，成为了交通枢纽，在安徽省内地位大大提高，只是蚌埠太偏北不说，城市又没有底蕴。而在1935年，淮南铁路（淮南到芜湖）、江南铁路（南京到芜湖）的通车，让原本就工商业发达的芜湖成为交通枢纽，只是芜湖在省内的位置有点偏不说，距离南京太近了。