国自然热点:非编码RNA编码多肽了解一下?
原标题:国自然热点:非编码RNA编码多肽了解一下?
文章开始前呢 , 先回答一下非编码RNA研究3问:
1.非编码RNA只有miRNA、lncRNA和circRNA吗?
2.非编码RNA一定不编码吗?
3.miRNA一定降解靶基因的mRNA吗?
你能答对几个?
收藏下面这张表 , 祝您ncRNA研究一路上披荆斩棘 。
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今天小编给大家导读的这篇文章 , 揭示了lncRNALINC00266-1不以RNA分子方式 , 而是通过编码产生新功能性多肽的方式调控肿瘤的功能 , 揭示:
隐藏在lncRNA中的编码多肽可能是新的一类肿瘤标志物和抗癌药物靶标 。
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其实非编码RNA编码多肽或蛋白已经不是新鲜事了 , 感兴趣的小伙伴可以联系我们推送更多专题文献导读 。
该文章2020年发表于NatureCommunications杂志(IF12.121) , 题为“Anoncopeptideregulatesm6Arecognitionbythem6AreaderIGF2BP1andtumorigenesis”(一种大环肽调节m6A读取器IGF2BP1对m6A的识别与肿瘤发生的关系)
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为方便理解 , 首先给大家总结下本文的思路导图:
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文字解读:lncRNALINC00266-1编码产生的RBRP是RNAm6A阅读分子IGF2BP1的调节亚基 , 通过调控m6A读码器 , 增加c-Myc的mRNA稳定性和表达 , 促使肿瘤的发生与发展 。
下面就跟小编一起来看看这篇文章的研究结果和技术手段吧 。
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学习总是枯燥的 , 修炼总是痛苦的 , 收藏以后写标书的时候慢慢看哟!
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0.前期研究
目前研究发现具有编码功能的LncRNA都必须与核糖体结合 , 所以作者对SW480和SW620细胞的核糖体结合RNA进行测序 , 得到了384个有差异表达的核糖体结合LncRNA , 再通过软件分析 , 找出了55个具有编码潜力的LncRNAs差异表达 。
1.发现了一个具有编码功能的lncRNA:LINC00266-1
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通过预测作者筛选了10个LncRNA , 将10个lncRNA的ORF-GFPMut构建体转染到HeLa细胞中 , 检测GFP荧光 。 只有lncRNAsLINC00266-1和FLJ20021的ORFs能够被翻译(图1.a) 。 通过对LINC00266-1的分析 , 作者发现了一个213个核苷酸的短ORF , 参与编码了71-aa肽 , 将其命名为RBRP 。 通过序列比较 , 表明RBRP是一个未被鉴定过的肽 。
作者用RBRP-Flag融合肽在LINC00266-1ORF-flag(ORF)-和5'UTR-ORF-Flag(5'U)-转染的细胞中大量表达 , 而LINC00266-1中起始密码子ATG(5'UTR-ORFmut-Flag,MT)的突变破坏了ORF的翻译(图1.b-c) 。
再将LINC00266-1ORF-GFPmut融合构建体转染到HEK293T细胞中 , 使用GFP抗体免疫沉淀RBRP-GFP融合肽 , 质谱鉴定在RBRP肽中检测出两个独特的肽片段(图1.d) 。
图一作者筛选出了一个lncRNALINC00266-1 , 可以编码RBRP肽 , 该肽尚未被鉴定过 , 其功能是未知的 。
发现新东西了 , 它来了它来了 , 它带着文章走来了!
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2.既然发现了一个未知的肽RBRP , 那就研究研究它到底有什么功能吧!
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作者分别通过免疫荧光、免疫组化与WB实验 , 对各类癌症组织中RBRP的表达情况进行了对比分析 , 发现RBRP是:
自然的(Natural)
内源性的(Endogenous)
广泛的(Widespread)表达于各种细胞和组织的肽 。
并且RBRP在高度转移性癌细胞亚系和原发癌组织中表达水平显著增加 。 (图2.a-e)
为什么要做这些鉴定呢?因为只有自然存在且内源表达丰富的东西才能作为诊断或治疗的靶点呀!
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随后 , 作者通过Kaplan-Meier生存分析显示 , RBRP水平较高的结直肠癌患者的癌症相关死亡风险高于RBRP水平较低的患者 , 并且高RBRP水平与结直肠癌患者不良预后之间存在显著的相关性(图2.f-g) 。 总的来说 , 图二就是论证了RBRP可能是一个潜在的致癌基因 。
3.既然RBRP是lncRNA编码出来的 , 那它们俩到底是谁!做了“恶人”呢?
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