老司机带你解锁ImageJ划痕实验宽度分析伤口愈合实验（Woundhealinga

伤口愈合实验（Woundhealingassay）是一种操作简单、经济实惠的研究细胞迁移/肿瘤侵袭的体外试验方法，在SCI论文中得到了广泛的使用【1】。

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如何分析划痕实验结果却令很多人头疼！划痕实验常见的统计指标是统计伤口愈合百分比（Woundhealingpercentage）和划痕宽度。伤口愈合百分比本质上是一种面积分析，半夏在往期已经给大家分享过30秒搞定划痕面积分析，有兴趣的童鞋可以自行查看！

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划痕面积的基本分析步骤为：对划痕图片进行Process->Smooth平滑后进行Process->FindEdges寻找边缘，再使用Image->Adjust->Threshold ，阈值选定后进行划痕面积分析：

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划痕面积的分析相信大家已经很熟悉了，然而使用ImageJ分析实验划痕宽度却困难重重！在网络上我注意到有很多人都对划痕宽度计算心存疑惑：

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关于宽度计算目前常用的方法是使用Plugins->Analyze->Grid添加等距的水平线（Horizontallines）或是垂线，再沿着水平线或是垂直线手动画出划痕宽度，再使用Analyze->Measure进行计算：

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这种方法存在缺点：
手动画线起点和终点欠精确；添加的等距水平线数量有限，得到的平均宽度不准确；工作量大，浪费时间。
01、基础知识准备
(1)灰度值灰度值纯黑为0、纯白为255：

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（2）PlotProfile
PlotProfile（快捷键Ctrl+K）见于Analyze->PlotProfile ，适用于线和矩形选框，表示线段和矩形选框所经过的范围内的灰度变化（荧光强度），如下图：

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PlotProfile常用于定性表示荧光共定位【2】与矩形范围内荧光强度变化【3】：

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02、划痕宽度分析
（1）划痕面积分析
1.ImageJ打开待分析划痕图片，先通过Image->Type->8-bit将图片格式转化为8-bit灰度图片，再通过Process->Smooth将图片进行平滑处理，最后点击Process->FindEdges寻找边缘：

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2.Process->Filters->GaussianBlur…Sigma设为6 ，对图片进行模糊处理：

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3.Image->Adjust->Threshold ，按照自己需要调整适合的阈值，调整合适后点击Apply：

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此时得到的图片黑色灰度值为0 ，白色灰度值为255 。
4.使用魔棒工具选择划痕， Edit->Clear清除划痕内部的细胞，然后使用Edit->Clearoutside去除非划痕部分的白色空隙。 Edit->Invert将划痕转变为灰色，再次对整张图片进行反转，得到划痕为白色、非划痕部分为黑色：

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5.验证所得划痕面积的准确性
利用魔术棒点击白色区域，点击Analyze->Tools->ROIManager…->Add ，打开原图片，点击ROIManager中刚刚Add的区域，此区域将会显示在原图片中，通过符合程度返回第3步调整阈值，调整目的区域：

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（2）划痕宽度计算1.将得到上步骤得到黑白划痕图片使用Image->Transform->Rotate90DegreesRight/Left进行旋转：

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2.Edit->Selection->SelectAll全选整个图片。点击Analyze->PlotProfile ，再点击结果左下角的List ，点击新弹出窗口中Edit->Copy ，复制所有数据，粘贴至新建Excel中：

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3.划痕宽度分析思路
PlotProfile得到的Grayvalue变化是整张图片从左往右对应的每个高度的灰度值的平均值。黑色灰度值为0 ，白色灰度值（代表划痕）为255 ，仅有白色范围可以影响平均灰度值。