如何用数据库查找 miRNA 结合位点

小编来了！今天看到一篇文章说的是‘如何用数据库查找 miRNA 结合位点’，特意拿来分享给各位看官，如果你也觉得这篇文章不错，记得分享哦！健康摘要：市面上的酸奶真是太多了，它们之间有什么区别呢？

正文开始：

大量的文献报道，miRNA 可以通过结合 mRNA 和 lncRNA 降解其表达量，特别是现在，ceRNA 成为国自然申请的重头戏。

那么查询相关的 miRNA 的结合位点就成了很多科研工作者的基本功。

如何查询呢? 下面提供两个重要有代表性的查询网站。具体网址在生物学霸后台回复网址即可获得。

targetscan

targetscan 是文献中最常见的一个网站，也是最简单易懂的网站，进入网站之后如下图：

从上往下填，1、物种是 Human 还是其他，2、输入你想输的基因名，没有其他要求就可以 Submit 确定了。假如输入 ITPR1，如下图出的结果是：

接下来点开 show conserved sites for nonconserved miRNA families，如下图：

接下来寻找你感兴趣的 miRNA，如第一个 mir96，点开可在下面看到此 miRNA 和 ITPR1 是结合位点以及位于 ITPR1 的 3'UTR 区的位置区域，如下图：

如此 miRNA 和 ITPR1 的结合位点就查找到了，完美结束。

Starbase

Starbase 是国人设计的一个整合多个数据库的寻找结合位点的网站，同样，进入网站如下图：

接下来点开 miRNA-mRNA，进入：

直接进入 6，比如输入 ITPR1，进入：

即可看到预测到 miRNA，旁边的那些网站，就是上图红色框起来的网站预测到的，例如第一个 miRNAmiR-200-3p，有两个网站预测到，要想查找结合位点就需要进入相关的网站进行查询即可找到你想要的结果。

从 starbase 我们可以发现还有 picTarSites，RNA22Sites，PITASites，miRandaSites 网站可以查到 miRNA 结合位点。具体查询方法，感兴趣的话请听下回元元帮你解答。

从这两个数据库网站我们可以发现 miRNA 和 mRNA 存在潜在的结合位点，这是碱基互补配对得到的结果，由于 miRNA 和 mRNA 在细胞内具有三维构象，所以这只是理想中可能结合，具体还有实验验证，如何验证，请查文献吧。大家都是科研狗。

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作者：元元

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元元

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