实验时间 | 不识文献真面目,只因没懂框架图
「穿上白大衣,手拿移液器,配置显微镜」小明一如儿时课本上所画生物科学家一般,他怀揣着梦想与忐忑
推开科研大门
,见到了耀眼的导师。导师慈眉善目,温和地说:「刚读研,要多看看文献,积累科研思维课题设计」。小明点头如捣蒜,内心却纠结如线团。咋看,无从下手呀!怎样把文献看的既快速又通透?今天就给大家分享一些「小套路
」
。首先,我们来看一下肿瘤相关文献共通点。肿瘤的研究分为现象发现,机制探索,现象验证几大类。其课题设计和文章书写无外乎以下的主线:
现象发现
?
增殖
体外
1.
短期增殖
---MTT
,
CCK
2.
长期增殖
---
集落形成实验
3.
流式细胞术检测细胞周期明确增殖时期
体内
检测瘤体大小
?
凋亡
Hoechst 33342-DNA 染色实验;
流式细胞术检测细胞凋亡
?
侵袭转移
体外
1.
迁移能力
细胞划痕实验
Transwell 小室迁移实验
2.
侵
袭能力Transwell
小室侵袭实验
明胶酶谱实验(也可在机制层面)
3.
血管形成
诱导内皮细胞管型形成实验
体内
1.
肿瘤
-
鸡胚尿囊膜转移模型
2.
体内肿瘤(小动物成像监测转移形成)
3.
病例组织标本(免疫组织化学染色转移相关蛋白)
机制探索
?
第一步
蛋白芯片、组织芯片、基因芯片等筛选差异蛋白或差异基因(或直接根据文献)
?
第二步
进行差异蛋白或差异基因的验证;
过表达
/
沉默(转染),抑制剂/激动剂;检测其上下游相关蛋白或基因的改变(Western blot/PCR)
?
第三步
预测信号通路;
根据上步所检测的差异蛋白或基因及其上下游改变的蛋白或基因,结合生物新信息学初步画出信号通路
现象验证
设置实验分组;
进行加入目标干预(治疗组)的验证,验证包括对肿瘤体内外生物学行为的影响;
作用机制的探究(又循环至以上框架)
我们以一篇文献为例,见下图
图 1:看文献摘要,概括改文章思路:确定研究对象--生物学行为--蛋白基因水平检测分子机制--得出结论
图 2:体外检测处理前后生物学行为
图 3:体内检测处理前后生物学行为
图 4:探索分子机制:检测处理前后目标蛋白表达量变化
图 4:探索分子机制:检测处理前后目标蛋白表达量变化
图 5:再次验证机制是否正确:设置目标蛋白(+)组和(-)组再次进行生物学行为验证
在该文献的摘要中,寻找阅读文献的套路,几分钟就可以大致捋清楚一篇文献。
确定研究对象:三阴性乳腺癌;
研究方向:侵袭转移;
目标蛋白或序列:N-cadherin;
技术路线:体外实验建立模型---Transwell 小室侵袭实验检测侵袭能力---体内实验检测转移能力;
机制探索:检测目标蛋白表达量变化(Western Blot,流式细胞术);
再次验证机制是否正确:设置目标蛋白(+)组和目标蛋白(-)组进行生物学行为验证;
最后进行总结与讨论。
一篇文献的阅读就初步完成了,之后再进行细化阅读。
看到以上的框架图和例子,是否突然发现肿瘤研究的文献阅读和课题设计也不过如此嘛。
在之后的日子里我会与大家一起分享其他类型的文献阅读套路。少年,科研江湖路远,看清套路,对症突击方得始终。
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