原虫，或者原生生物，在演化上不是一个好的概念，它们只因为unicellular被分到了一起，但彼此的演化关系未必近，而Fungi是有共同祖先的。我对分类学比较外行（所以这是一篇很不严谨的抛砖引玉），但基因组学已经改变了分类学，对于这种问题，讨论系统发生树的公共节点比较合适，而树里没有叫“原虫”的节点，所以讨论起来比较复杂，你要问“不把某个生物当作真菌的理由是什么”可能更加容易。如果要求放宽一些，这个问题还是可以讨论的，就拿题主说的Cryptosporidium parvum为例，它属于顶复动物亚门Apicomplexa，囊泡虫总门Alveolata，SAR超类群。这里假设把它们都处理成单系群，如果有新的结果我也不管了……SAR超类群的生物应该仍然属于大家公认的原虫，我们忽略掉这一支内部的进化事件，继续往上追。Hacrobia和SAR以及一堆关系比较乱的门被归于色藻界Chromista，再往上我们找到了Plants+HC+SAR megagroup，你会发现相对于真菌，SAR里的虫子们已经和植物比较近了。所以我们需要关注一下SAR这个超类群从该metagroup独立出来的演化事件。（坑）把Excavata等等也加到这个大树里面，我们把他们整个归于双鞭毛生物Bikont；与之对应的是单鞭毛生物Unikont，真菌在Unikont里面（这也是人类和白菜最大的不同）。所以我们需要关注一下Unikont和Bikont分歧的演化事件（坑）。Unikont中，省略掉一些过程后，Amoebozoa和Obzoa分开，然后Obzoa中，Opisthokonta分歧出来，然后Opisthokonta中，菌物总界Holozoa和动物总界Holomycota分开，再在Holozoa中独立出真菌。自上而下建立一个物种的概念是很不自然/靠谱的，但每一次分歧都会带来很大的不同，如果我们说一个东西是真菌，意味着它首先是单鞭毛生物Unikont（排除掉你说的一堆原虫），之后必须是后鞭毛生物Opisthokont（排除掉变形虫，应该也被当作原虫），之后就是更细致的工作了。但是，自从有了分子演化的工具，我们已经几乎不需要从树根开始对物种分类了。特别是单系群，说一个新东西是真菌，可能相当于说它的基因组和现有的真菌的差异，小于真菌内部基因组的差异。再次强调我的分类学非常业余，写这个回答是抛砖引玉。
■网友的回复
真菌是单系群，也就是所有真菌的最近共同祖先的后代也都是真菌。不过这里说的真菌不包括卵菌和黏菌什么的。原虫是多系群，分类学上的地位可能多种多样。所有原虫的最近共同祖先的后代包括了许多非原虫类的生物。从特征上来说，真菌有细胞壁，而且许多真菌是多细胞的，从这一点上就和原虫完全不同了。单细胞真菌主要就是酵母，和原虫也很容易区别开吧。
■网友的回复
谢邀！最大的区别是真菌是有细胞壁的，而原虫没有。

• 与日本文学相比，为啥在中国几乎不能看到韩国文学的书籍
• 分别掌管白天与黑夜的神明是谁呢
• 怎样让评价近几年广州漫展的发展情况与门票一直上涨的问题
• 关于动画师与绑定师的区别
• 数码宝贝世界到底存不存在有没有可能创造一个或者找到与现实世界相连的通道（第三部）
• 本人目前准备上中专，求问动漫设计与制作专业和服装设计专业哪个前景较为好一点推荐就读哪个专业更多点
• flash与animate中的骨骼工具
• 啥时候教师与学生开始对立了为啥
• 山西的醋文化形成与地理环境之间有怎么样的联系呢
• 在中国有哪些途径可以参与政治（说白了就是当官）