我们误读病毒了？为什么科学家说，病毒是大自然基因创新的动力在人类的发展历程中

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在人类的发展历程中，病毒的名声一直不好，它们一直被当作掠夺生命的恶魔。
人类历史上的几场瘟疫浩劫，超过一半都与病毒关，最骇人听闻的是“西班牙流感”病毒。在第一次世界大战结束那一年（1918年），因为全球贸易的发展，这种病毒在一年内感染了全球三分之一的人口（5亿人），让5000万到1亿人失去生命。而第一次世界大战造成的死亡人数才4000万。

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最让我们印象深刻的还是最近的“新冠”病毒，即使现代医学如此发达，一年多时间过去，我们仍然深陷在对病毒的恐惧当中。然而，很多科学家却在为病毒“说好话” ，为病毒“正名” ，这又是为什么？

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一位叫伊万·埃里尔（IvanEril）的生物学家相信，至少有一种特定类型的病毒对人类是有益的，比如噬菌体或感染细菌的病毒。当这些病毒的DNA被细胞捕获时，它可能包含使该细胞能够执行新把戏的指令。他更相信，病毒是大自然基因创新的动力。
细菌病毒的强大威力
噬菌体，可以入侵并控制陆地和海上的细菌。据统计，它们每天杀死多达40%的海洋细菌，帮助控制细菌的繁殖和有机物的重新分布。而它们选择性杀灭细菌的能力也让医生们兴奋不已，目前，天然和工程化噬菌体已成功用于治疗耐抗生素的细菌感染。这一过程被称为噬菌体疗法，可以帮助对抗抗生素耐药性。

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噬菌体
最近的研究指出了噬菌体的另一个重要功能：它们可能是自然界最终的基因修补者，能够制造出新的基因，使细胞能够重组以获得新的功能。
噬菌体是这个星球上最丰富的生命形式，大约有1诺亿个噬菌体（诺亿是数目名称， 1000的10次方），随时在世界各地游动。与所有病毒一样，噬菌体也有很高的复制率和突变率，这意味着它们在每次繁殖时都会形成许多具有不同特征的变体。

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大多数噬菌体都有一个称为衣壳的坚硬外壳，里面充满了它们的遗传物质。在许多情况下，外壳的空间超过了噬菌体储存复制所需DNA的空间。这意味着噬菌体有足够的空间携带额外的基因包袱：对生存不重要的基因可以随意修改。
细菌的基因开关
为了了解这是如何发挥作用，科学家深入研究噬菌体生命周期。对我们来说，噬菌体有两种主要的类型：温和的和有毒的。像许多其他病毒一样，有毒的噬菌体会经历入侵-复制-杀死宿主的生命历程。它们入侵宿主，劫持宿主细胞内的组件，复制自己，然后爆发。

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另一方面，温和的噬菌体起着长期的作用。它们将自己的DNA与细胞的DNA融合，并可能休眠多年，直到有什么东西触发它们的激活。然后，它们又恢复了毒性行为：复制并爆发。
许多温和的噬菌体使用DNA损伤作为触发因素。如果细胞的DNA被破坏，这意味着驻留的噬菌体会跳船。但如果没有检测到宿主细胞的DNA损伤，指导噬菌体复制和爆发的基因会一直被关闭。

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细菌重组了控制生命周期的机制，产生了一个复杂的遗传系统，也会促进细菌的进化。如果它们检测到DNA被破坏，它们会激活一组试图修复DNA的基因。这被称为细菌SOS反应，因为如果失败，细胞就会死亡。细菌利用一种对DNA损伤做出反应的开关状蛋白质来协调SOS反应：如果有损伤，它会打开，如果没有，它会关闭。
也许并不奇怪，细菌和噬菌体开关在进化上是相关的。这就引出了一个问题：是谁发明了这个“开关” ，是细菌还是病毒？

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此前的研究表明，是病毒。科学家们发现类杆菌的SOS反应是由噬菌体开关控制的，该开关被重新安装以实现细菌自身复杂的遗传程序。这表明细菌SOS开关实际上是噬菌体开关，它在亿万年前被重新装备。
噬菌体创造的不仅仅有细菌开关，研究表明，细胞分裂所需的细菌基因也是通过噬菌体毒素基因的“驯化”而产生的。许多细菌攻击系统，如毒素和用于将其注入细胞的基因枪，以及它们用来逃避免疫系统的伪装的基因，都有可能是来自噬菌体。