达尔文的《物种起源》与哥白尼的《天体运行论》出版的曲折经历( 三 ) 《物种起源》全名《物竞天择

哺乳动物的雄性个体普遍具有退化的乳头；在蛇类中有些肺的一叶是退化的，有些存在着骨盆与后肢的残迹。有些退化器官的例子极为奇怪。比如，鲸的胎儿生有牙齿，而当它们成年后连一颗牙齿都没有；未出生的小牛的上颌生有牙齿，但从不穿出牙龈之外；某些鸟类胚胎的喙上，仍有牙齿的残迹，成年后则完全消失了；翅膀是用于飞翔的，然而很多昆虫的翅膀常常位于鞘翅之下，萎缩到根本不能飞翔。
幼小哺乳动物头骨上的骨缝，曾被认为是帮助母体分娩的美妙适应，甚至可能是胎生动物顺产所不可或缺的。可是，卵生的鸟类和爬行动物也有骨缝。是不是骨缝这一构造起源于一些卵生的低等动物，只不过为胎生的高等动物在分娩过程中所利用罢了呢？
用于抓握的人手和用于掘土的鼹鼠前肢，用于爬行的龟腿和用于游泳的鲸的鳍状肢，以及用于飞翔的鸟和蝙蝠的翅膀，为什么竟都是由同一型式构成，而且包含着相似的、处于相同相对位置的骨头？达尔文指出，正是由于各类脊椎动物起源于同一个共同祖先，才形成了这种现象。这足以证明脊椎动物拥有共同祖先。
地质：“贝格尔”到达巴西，达尔文上岸考察，向船长提出要攀登南美洲的安第斯山。当他们爬到山上时，达尔文意外地在山顶上发现了贝壳化石。达尔文非常吃惊，他心中想道：“海底的贝壳怎么会跑到高山上了呢？”经过反复思索，他终于明白了地壳升降的道理。达尔文脑海中一阵翻腾，对自己的猜想有了更进一步的认识：“物种不是一成不变的，而是随着客观条件的不同而相应变异！”
他还看到了正在升起的南美大陆和科迪勒拉山系：高山顶上的第三纪古海生物化石、被冰川夹带到河滩的巨大漂砾、一级级河床阶地、流动的熔岩、奇特的浮岛、被扭曲或折裂的大断层、隆起的山峰和深切的谷地、被侵蚀的荒野以及曾沉入海底又升起的古森林硅化木群落。他在奇洛特岛见到了同时引发另两座火山的奥索诺火山爆发，在瓦尔地维亚遇到了大地震，地震引起了海啸。在塔帕根山下，他躲过一场砸死许多牲畜、野兽的大冰雹。在火地岛遇到了飓风和轰然倒下的冰川。这一切给达尔文的感受是：“没有什么东西比得上地壳这么不稳定了。 ”“大地这个结实坚固的象征物如今在我们脚下移动，就像只是一层蒙在液体上的薄膜。 ”总之，一切皆流，一切皆变。除了物质、能量和信息的运动外，没有任何永恒的事物。
达尔文的妻子爱玛对《物种起源》的编写也有很大的影响。艾玛是一个虔诚的坚定的基督徒，她每天都读圣经，定期去教堂，从牧师那里领受圣餐，她常常给孩子们读圣经，不赞成礼拜天进行社交活动，国外都是礼拜天去教堂。她对上帝是何等地虔诚，以至于达尔文称赞她“不仅是一个基督徒，而且是一个基督徒的殉道者” 。
也正因为如此，埃玛对达尔文的感情是极其复杂痛苦的。她是一个虔诚的基督徒，同时她又深爱着达尔文，达尔文也深爱着她。但埃玛知道达尔文并不信仰上帝，她多次劝丈夫相信上帝，可达尔文却爱用’我并不否认上帝的存在’这样的话来应付妻子。 ”面对达尔文的搪塞，埃玛十分痛苦。
爱玛可以代表当时的未受过科学教育的信教大众，对《物种起源》手稿作出的第一反应。爱玛仔细阅读了手稿，改正拼写，改正标点，并建议达尔文将一些容易刺激信徒和教会的段落写得语气温和一些，论据更清楚一些。
如果不是和爱玛结婚，达尔文很可能写出一本较为激烈的书。后来，《物种起源》出版了，埃玛的心就更加矛盾了，因为这本书遭到了教会对达尔文猛烈的抨击。作为妻子，她讨厌那些指责；可作为基督徒，她又赞同那些指责。如果看到唯物主义战胜唯心主义，我会十分痛苦。 ”她知道进化论会削弱人们对上帝的信仰，可是，一直到死，达尔文也没改变自己的立场。在他去世的当天，埃玛对女儿说：“父亲恐怕不相信上帝，可是上帝相信他。他将安静地在他所去的地方休息。 ”这既是无可奈何的自我安慰，也是对达尔文最权威的“盖棺论定”——达尔文从未悔改信主！
虽然这么多年来，科学界很多学者们总在批判达尔文的观点，但这套理论却像一把钥匙，开启了一个似乎永无止境的研究领域。直到今天，生物学家仍然在寻找能合理解释自然选择如何在分子水平上发挥作用，以及如何影响新物种形成的实验依据。