为了实践自己的理论，吕碧城积极筹办女学，英敛之介绍她认识严复、严范孙、傅增湘等津门名流，以求支持和帮助。在天津道尹唐绍仪等官吏的拨款赞助下，1904年9月，“北洋女子公学”成立，吕任总教习。两年后，“北洋女子公学”改名“北洋女子师范学堂”，年仅23岁的吕碧城任监督(相当于今天的“校长”)，为我国女性任此高级职务的第一人。吕碧城在这所当时女子的最高学府，从教习提任到学校的监督，一呆就是七、八年。
吕碧城终身未婚，其后逐渐对宗教产生兴趣。1930年吕碧城正式皈依三宝，成为在家居士法名曼智。
【将骨灰和面为丸投于南海的民国惊才绝艳剩女】1943年1月24日，她在香港九龙孤独辞世，享年61岁。吕碧城死后，遗言将骨灰和面为丸，投于南中国海。

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