为纪念鲁迅与藤野严九郎的这段师生情缘，1961年，藤野严九郎纪念碑在日本福井落成，由许广平亲笔题写碑名；
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1983年，鲁迅和藤野严九郎的故乡绍兴市和芦原町互结友好城市。
现在，在日本福井还设有藤野严九郎纪念馆。而在东北大学，也设有鲁迅纪念展示室，其中就陈列有当年藤野先生为鲁迅订正过的学习笔记。
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