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鱼类和海洋爬行动物与无脊椎动物相比 , 脊椎动物似乎受二叠纪-三叠纪危机的影响较小 。 在古生代末期 , 鱼类的多样性和丰度有所下降 , 棘鱼灭绝 , 而软鳃类的多样性大大减少 。 然而 , 鳍鱼持续在三叠纪期间的蓬勃发展 , 从淡水逐渐趋向于海洋环境中 , 在二叠纪末期已经多样化的吃贝类的棘齿鲨继续进入三叠纪 。
在德国中部三叠纪海洋沉积物的岩层中出现了爬行动物 , 诺托龙族的成员蜥翅目目 , 没有在三叠纪幸存下来 , 但它们是侏罗纪大型掠食性蛇颈龙的祖先 。 三叠纪海域最大的居民是早期鱼龙与鳞龙类 , 它们有远亲的关系 , 但在外形上与海豚在表面上相似 , 并且有为快速游泳而形成的流线型 。 这些高效的猎人配备了强大的鳍、桨状的四肢、长齿的下巴和大眼睛 , 可能捕食了一些早期的鱿鱼状头足类动物 , 即箭石 。 还有证据表明 , 这些不寻常的爬行动物生下了活的幼崽 。 然而 , 在海洋爬行动物中生产活的幼崽并不仅限于鱼龙 。 已知最古老的能生出幼崽的爬行动物是一种主龙形目 , 一个包含所有与主龙关系比与鳞龙更密切相关的形态的群体成员 , 它生活在大约 2.45 亿年前 。
在陆地上 , 脊椎动物在三叠纪中以迷宫齿兽为代表的两栖动物和爬行动物 , 在二叠纪末期 , 所有这些四足动物群的多样性都急剧下降 。 75% 的早期两栖动物科和 80% 的早期爬行动物科在二叠纪-三叠纪边界处消失 。 早三叠世的形态仍然是古生代 , 整个时期都出现了新的形态 , 而到了晚三叠世 , 四足动物群的形态明显是中生代 。 祖先形态最早出现在中、晚三叠世的现代类群 , 包括蜥蜴、海龟、喙头目动物和鳄鱼 。
类似哺乳动物的爬行动物 , 在二叠纪晚期遭受了灭绝的脉冲 。 该群体在边界危机中幸存下来 , 但在三叠纪末期几乎灭绝 , 这可能是因为来自更有效的捕食者的竞争 , 例如密码子 。 这个团体中最著名的人之一是水龙 , 其化石已在印度、非洲南部和南极洲发现 。 从而提供证据表明这三个大陆曾经是相连的 。
接下来是非常小的哺乳动物出现在晚三叠世 , 虽然他们的化石遗迹已经从骨床收集来自英国约会雷蒂亚阶段在三叠纪 , 从进化的过渡期结束兽孔目爬行动物的哺乳动物 , 在三叠纪结束之时无比清楚地保存完好的化石证明 。
恐龙最早出现在早三叠世 ,密码子在中三叠世变得普遍 , 但在侏罗纪开始之前就消失了 。 三叠纪这组主龙的典型特征是属于伪鳄 , 是快速奔跑的捕食者 , 在身体的正下方有直立的四肢 , 这使它们更加灵活和敏捷 。 这个群体大概产生了原始属于晚三叠世 , 至早侏罗世的蜥臀目和鸟臀目恐龙 。 与后中生代形式相比早期恐龙是双足 , 迅速移动的 , 和相对较小的存在 。 但是一些诸如板龙 , 达到8米的长度 。 腔骨龙是一个晚三叠食肉恐龙约2米长; 它的化石是在石化森林国家公园的钦勒组中发现的 , 恐龙群在中生代后期变得更加重要 , 导致这个时代被非正式地称为“爬行动物时代” 。
【三叠纪|?三叠纪危机对脊椎动物的影响】飞行爬行动物 , 最早的一些蜥蜴 , 可能是第一种飞到空中的脊椎动物 。 滑翔蜥蜴是从延伸的肋骨之间拉伸的皮肤发展出翼型 , 这将允许类似于当今飞鼠所做的短时间滑翔 。 类似地 , 长鳞龙有长长的鳞片 , 可以用作原始翅膀 , 而晚三叠世的沙罗翼龙是活跃的飞行者 , 可能是第一个真正的翼龙 。 所有这些形式在三叠纪末期都灭绝了 , 它们作为飞行者的角色 , 被侏罗纪和白垩纪晚期的翼龙取代 。
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