冲绳|日本只有冲绳的管辖权，如今冲绳的主权是谁的？( 二 ) 日本|琉球|美国|日本时政

然而1874年，又发生了琉球漂流船船员在台湾省被杀的牡丹社事件，日本以此为由进攻台湾省。在事后的调解过程中，清廷承认日本此举是“保民义举” 。日方误认为清朝的这一表态是承认了琉球是日本领土，在翌年要求琉球藩停止对清朝朝贡。
此后琉球王府内分化为同意接受日本条件的亲日派和反日派，双方势成水火。 1879年3月，日本政府宣布废琉球藩并改设冲绳县，强令琉球藩王尚泰搬到东京。此后琉球藩的部分士族及平民流亡清朝，并要求清政府向日本施压使琉球复国。琉球被日本吞并后，对日本的敌意立即增加，部分原因是日本有计划地试图消灭琉球文化，包括语言、宗教和文化习俗。宫古和八重山群岛对日本强行吞并的反对更加强烈，曾发生翻译官被当地民众杀害的事件，但最终被镇压。
琉球国末代国王尚泰王
清政府曾请美国前总统格兰特与日本谈判琉球主权问题。日方接受了格兰特的建议，对清朝提出了将冲绳群岛以北划为日本领土、将宫古和八重山群岛划为清朝领土的方案。此后清朝又提出将奄美群岛划入日本、琉球国在冲绳群岛复国、宫古和八重山群岛划入清朝的方案，但谈判最终未果。甲午战争清朝在战败之后割让台湾给日本，无力解决琉球问题，琉球复国论也偃旗息鼓。

格兰特与李鸿章
日本在直接统治冲绳县之初实施旧惯温存政策，保留了琉球国时期的土地和税收制度，但真实目的是让冲绳近代化进程滞后，国力羸弱让其无法摆脱日本的控制。甲午战争之后，随着日本对冲绳的统治开始稳定，旧惯温存政策被同化政策取而代之，冲绳社会开始快速日本化。但另一方面，由于台湾省在甲午战争后被割让给日本，成为日本新的殖民地和砂糖生产地，冲绳的军事和经济地位大幅下降。

20世纪之后，日本在冲绳县实施大规模土地改革，并重点发展砂糖等产业，但冲绳的经济发展仍远滞后于日本本土。大正时代初期，由于一战爆发导致砂糖价格暴涨，冲绳也一度迎来经济红利期。但在大正末期至昭和初期，冲绳也受到大萧条波及，众多农民陷入饥荒，被迫食用有毒的琉球苏铁的果实和树干。也有许多冲绳人因此选择移民日本本土或外国谋生。在1923年至1930年期间的日本对外移民中，冲绳人占总量的一成。海外移民给冲绳的汇款金额相当于当时县年财政收入的40%至65% 。而这也使得冲绳或多或少地融入了日本文化，对日本的抵触情绪降低。
冲绳也因此从1940年代开始被强行普及标准语，将姓氏读音从琉球语发音改为日语发音，皇民化迅速开展。 1943年，日军开始在冲绳强制征地，修建军用机场。 1944年，日军在冲绳设立第32军并强征当地民众物资，同时开始疏散部分冲绳民众至日本本土和台湾省。这引发了冲绳二战后谋求独立的开端。
冲绳民众对美军的印象极坏， 1944年十月，那霸市遭到美军大规模空袭，市区九成面积被烧毁。 1945年3月，美军开始登陆琉球群岛，冲绳岛战役爆发。这场战役极其惨烈，美军在冲绳岛战役中有12520人阵亡，日军的阵亡者更多达94136人，其中28228人是冲绳县人。此外冲绳平民的伤亡亦极为惨重。不仅美军的攻击导致平民伤亡，日军也以“间谍罪”为名杀害平民，并强令民众集体自杀。冲绳和平纪念公园的“和平基石”列出了149193名冲绳人在冲绳战役和太平洋战争中丧生或自杀。
1945年8月日本投降之后，日本全国进入盟军占领时期。冲绳则在6月冲绳岛战役之后就被美军占领，并在9月就进行了首次选举以选出各地市长和议会议员。 1946年4月，冲绳民政府成立。 4年之后，统辖奄美、冲绳、宫古、八重山四地的群岛政府成立。
1949年，由于苏联主导的东方阵营不断壮大，为了遏制苏联继续在东亚进行战略渗透，冲绳的战略地位重新得到认识，美国宣布将冲绳分出日本本土并长期占领，以形成遏制东方阵营的第一岛链。