玄武门之变发生前 ， 李建成和李元吉曾试图将秦琼骗出去杀死 ， 但最终计划失败 ， 李世民发动了玄武门之变 。 这也侧面说明了秦琼当时具有很强的威慑能力 。 玄武门之变后 ， 秦琼被封为护国公 。
唐朝统一天下后 ， 秦琼就病倒了 。 据史料记载 ， 秦琼死于公元638年 ， 由于经常出征杀敌、在前线作战 ， 导致流血过度 ， 多年的顽疾没有及时医治 ， 以至于老年的时候身体出现了很大的问题 ， 在生病没多久之后 ， 就去世了 。
然而 ， 时间来到了千年之后 ， 上世纪70年代 ， 秦琼的儿子秦怀道的墓碑被考专家挖出 。 经专家确认 ， 证实了这块墓碑确实是秦琼的儿子秦怀道的 ， 墓碑上的碑文显示着：祖上是秦叔宝 ， 隋龙骧将军 ， 曾经在美良川战役中生擒尉迟恭 。
这也证明了尉迟恭是秦琼一人俘虏的 。 在美良川战役中 ， 尉迟恭失败 ， 最终追随李世民 。 因此 ， 根据史料和秦琼儿子的墓碑的推断 ， 唐朝的头号将领不是虚构的李元霸或尉迟恭 ， 而是秦琼 。