箱馆 ， 虾夷地战争
8月末 ， 幕府海军总裁榎本武扬在德川宗家移封静冈后 ， 便率领手头掌握的旧幕府舰队开向北方 。 在仙台收罗了一些东北诸藩士和旧幕府出亡残部后 ， 以“德川脱走家来”（家来即家臣）自诩的榎本舰队在10月内顺利驱逐了包括松前藩在内的虾夷地新政府地方势力 ， 于是榎本军内部选举榎本为虾夷地旧幕府势力军事总裁 ， 并投票选出各部门领导人 ， 建立了所谓的“虾夷共和国” 。
榎本在12月请求英法二国公使作为共和国调解方 ， 对新政府提出请愿 。 榎本希望政府能让虾夷政权掌管作为国际港口的箱馆 ， 形成和沙俄间的缓冲地带 。 并且为救济原德川家臣团 ， 将虾夷地永久下赐给德川家 。 原本寄希望于西方列强支援的幕府军却没想到以美国为首承认了明治政府的合法性 ， 并宣布箱馆政权为“叛军” 。 恰巧此时 ， 明治政府海军从英国 ， 美国 ， 荷兰采购的新式铁甲军舰陆续交货 。

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但西洋列强解除局外中立后 ， 榎本政权就陷入动乱之中 。 明治二年（1869）5月 ， 因为局外中立撤除而获得美制铁甲舰“甲铁”的新政府动员诸藩围剿榎本政权 。 6月5日 ， 政府军舰队以“甲铁”“春日丸”“朝阳丸”“阳春丸”“第一丁卯丸”五艘铁甲舰冲入箱馆湾与幕府海军“回天”“蟠龙丸”“千代田”展开激战 ， 箱馆湾海战过后 ， 幕府海军基本覆没 ， 津轻海峡制海权被政府军牢牢掌握 。 6月21日 ， 政府军海军炮轰五棱郭 ， 26日 ， 以中岛三郎助为首的德川幕府“一族郎党”在津轻阵屋与明治政府陆军展开殊死搏斗 ， 并最终全部战死 。 2天后即6月28日 ， 五棱郭最后的残兵向政府军投降 。 持续了一年又四个月的戊辰战争由于箱馆五棱郭的陷落去告终 。 至此 ， 旧幕府陆军 ， 海军全部灭亡 。 箱馆战争 ， 以及整个戊辰倒幕战争 ， 最终以倒幕军的全面胜利而告终 。

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持续了一年半的“倒幕战争””让全世界看到了一个焕然一新的日本 ， 一方面 ， 战争终结了自日本战国末期以来建立的德川家族的封建统治 ， 从根本上为明治政府的长久发展奠定了完美的外在条件 。 另一方面 ， 随着德川幕府的灭亡 ， 旧制度体系下遗留的问题现在成为了明治政府和维新派的难题 ， 首先便是治外法权 ， 海关税权 ， 片面最惠国等诸多根本权力仍然掌握在西方列强手中 ， 明治政府不得不继承旧幕府留下的种种不平等条约 。 另外 ， 在倒幕战争中带来的巨大经济损失和赔款 ， 也是明治政府急需解决的一大难题 。 最后就是封建残余 ， 旧日本制度下数不胜数的贵族公卿 ， 地方藩主和封建保守派的处理 ， 这些守旧势力仍然在明治政府治下的日本拥有相当大的实力 。
【南書房|德川幕府的最大危机：日本史上“倒幕运动”与“明治政府”的建立】为了解决以上国内存在的种种矛盾 ， “维新三杰”之一的木户孝允在1869年提出“遣使朝鲜 ， 责其无礼 ， 如不服时 ， 则兴问罪之师 ， 借以大振神州之威！”明治政府试图将矛盾转嫁朝鲜半岛 ， 以缓解国内巨大的经济政治压力 ， 可见即使是刚刚建立新政 ， 百废待兴的明治政府 ， 内部充斥着狂妄与野心 ， 将目标首先对准大洋彼岸的朝鲜国 。

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