#科学解码.#李兰娟团队：新冠病毒已发生19个致病性新突变( 二 ) 在最新的一份研究中

患者流行病学病史
本研究中涉及的11例患者的样本收集于国内疫情暴发的早期阶段，时间为2020年1月22日至2020年2月4日。

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11例患者中有10例与武汉有明确关系，这11人中有5人确诊前在武汉工作或旅行，另外5人与居住在武汉的人有过密切接触，剩下的1人与新冠患者有过接触。值得注意的是，患者ZJU-4、ZJU-5、ZJU-9均参加了有武汉同事出席的同一个商务会议。
因此，根据这11例患者的流行病学历史，他们构成了第一代和第二代感染病例。
11例患者中男性8例，女性3例，年龄4个月至71岁不等。除1例患者外，其余所有患者均有中度或更严重的症状， 3例有合并症， 1例需要ICU治疗。
截至该论文撰写，所有病人均已康复。
11例患者中采集的病毒分离株中存在多种突变
为了评估这11株病毒分离株的突变谱，研究人员在IlluminaNovaseq6000平台上对分离的病毒基因组RNA进行了超深度测序，平均每个样本产生2.45亿个读数/67.16Gb 。
他们总共鉴定出33个突变（包括在混合群体中观察到的10个突变），根据与GISAID在2020年3月24日提供的1111个基因组序列的比较，其中19个是新的突变。

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具体来说，在ZJU-1中发现了G11083T和G26144T ，这两种突变都被认为是一个大群体病毒的始祖突变。 ZJU-2和ZJU-8中发现了C8782T和T28144C突变，这两种突变被认为是另外一个大群体病毒分离株的始祖突变。
ZJU-2、ZJU-5、ZJU-9、ZJU-10和ZJU-11这5个病毒分离株中均发现了T22303G突变， ZJU-5和ZJU-9在一次商业会议中暴露于相同的潜在感染源。值得一提的是，此前仅在澳大利亚分离得到的病毒株中鉴定出具有T22303G突变。
值得注意的是，和ZJU-5、ZJU-9参加同一会议的患者ZJU-4的病毒分离株有一个新的突变A22301C ，它在蛋白水平上（S蛋白中的S247R）导致了与T22303G相同的错义突变。
最后， ZJU-11在ORF7b基因中有4个突变，其中3个是连续的，并在蛋白水平上引入了2个突变。
【#科学解码.#李兰娟团队：新冠病毒已发生19个致病性新突变】值得注意的是，研究人员认为，尽管GISAID中的序列数据对跟踪病毒的个体间变异非常有帮助，但我们仍然对病毒的个体内进化动力学知之甚少。例如，在ZJU-4和ZJU-10中，两个独立位点的等位基因频率分布非常相似，这表明这两个位点可能是相关联的，提示在病毒种群中至少存在两种单倍型。
总的来说，尽管在这项研究中只分析了11株来自病人的病毒株，研究人员仍观察到突变多样性，包括目前在全球传播的不同主要病毒簇的几种基本突变。这种多样性的突变谱与它们相对较早的采样时间和相对接近武汉市是一致的。
不过，由于样本量有限，武汉地区早期病毒的完全变异多样性至今仍不清楚。
研究人员讨论指出，在11个病毒分离株中发现了多种突变，包括目前感染全球人口的两大类病毒的两组始祖突变。此外，尽管取样日期相对较早， 31个已鉴定的突变中有19个是新的，这表明病毒株的真正多样性在很大程度上仍未得到充分认识。
另外， T22303G突变在5个病毒株中均观察到，这个特定的突变在早期疫情中已经出现，并可能在相当数量的武汉人身上都有。这可能是由于突变的始祖效应，在这种效应情况下， T22303G突变在早期并没有从中国传播出去。
值得注意的是， ZJU-11的三核苷酸突变是出人意料的。研究人员注意到，这个特殊的病毒分离株在研究中的病毒载量和CPE测定中都显得非常“强有力” ，其来源病人也非常罕见地持续45天新冠阳性，最近从医院出院。