#嘿科技在这里#科学家开发出新型组合式单细胞CRISPR筛选技术作者丨小柯美国普林斯顿大学BrittAdams

作者丨小柯

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美国普林斯顿大学BrittAdamson、加州大学旧金山分校JonathanS.Weissman等研究人员合作取得一项新成果。
他们开发出直接向导RNA（sgRNA）捕获和靶向测序的组合式单细胞CRISPR筛选技术。
2020年3月30日，《自然—生物技术》在线发表了这一成果。
研究人员报道了直接捕获Perturb-seq ，这是一种通用的筛选方法，其中表达的sgRNA与单细胞转录组一起测序。
直接捕获Perturb-seq可检测单个细胞中多个不同的sgRNA序列，因此可将合并的单细胞CRISPR筛选轻松与包含双向导表达载体的组合扰动文库配对。
研究人员证明了这种方法对遗传相互作用高通量研究的实用性，并利用这种能力，剖析了胆固醇生物发生与DNA修复之间的上位相互作用。
使用直接捕获Perturb-seq ，研究人员还发现，针对每个细胞具有多个sgRNA的单个基因，这一技术可以提高CRISPR干扰和激活的效率，从而有助于将紧凑、高效的CRISPR库用于单细胞筛选。
最后，研究人员证明了基于杂交的靶标富集能够对来自单细胞RNA-seq实验的有用转录本进行灵敏、特异的测序。
据了解，单细胞CRISPR筛选可以探索哺乳动物的基因功能和遗传调控网络。
但是，由于依赖于单个sgRNA的间接索引，该技术的使用受到了限制。
相关论文：
https://www.nature.com/articles/s41587-020-0470-y
小柯报道：
【#嘿科技在这里#科学家开发出新型组合式单细胞CRISPR筛选技术】http://paper.sciencenet.cn/htmlpaper/2020/4/20204117285145955692.shtm