约6500万年前发生的中生代末白垩纪生物大灭绝事件中，恐龙和其他许多植物从地球上灭绝，银杏在这场浩劫中也受到了严重的创伤 。在接下来的五千多万年时间里，银杏在北方大陆又开始广泛扩张，一度蔓延到了北极点附近地区 。距今约200万年前的新生代第四纪大冰川期是地球史上最近一次大冰川期，曾广布于北半球的银杏几近灭绝，而人类在这一时期才开始孕育 。
中国东部、南部以及西南的部分地区可能由于东西走向的山脉及相对温暖的环境，在第四纪冰川来临时成为银杏的避难所 。第四纪冰川存在多次冰期极端寒冷和间冰期相对温暖的交替，这导致了三个避难所的银杏群体在冰期彼此分化，在间冰期扩展杂交，从而在物种水平维持了这一活化石植物较高的遗传变异 。
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